Çalışmalar kapsamında kamyonlarla getirilen asfalt molozları işlemden geçirildikten sonra boş meydanda depolanmaya başlandı. Zaman içerisinde tesisin alanı yetmeyince caminin çevresine bırakılan molozlar, 200 yıllık caminin yollarını kapattı. Camiye sadece denize bakan bölümünden küçük araçların girmesi için yol bırakılırken, etrafına yer yer 3 metreyi bulan asfalt molozları döküldü. Kazlıçeşme tarafından bakıldığında caminin sadece minaresi görünüyor. Camide öğle ve ikindi namazları kılınırken, cuma günleri Fatih Camii'nde yer kalmaması nedeniyle vatandaşlar molozların üzerinden camiye ulaşmak zorunda kalıyor. Kazlıçeşme Meydanı'ndaki iki caminin restorasyonu 2011 yılında başladı. Meydan içerisinde bulunan ve 17'nci yüzyılda yapılan cami, 4 yıl süren restorasyon çalışmalarının ardından  2015'in Ramazan ayında yeniden ibadete açıldı.

İstanbul'la ilgili araştırmalar yapan tarihçi yazar Ramazan Bedük, 90'lı yıllarda sanayi tesislerinin kaldırılıp bölgenin mitingler için geniş bir meydan olarak düzenlenmesinin ardından caminin cemaatini kaybettiğini söyledi. Bedük özetle şunları kaydetti: “Osmanlı döneminde Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Camii'nin bir cemaati vardı. Cemaatin ağırlıklı kısmını kasaplar oluşturduğu için cami, yüzlerce yıl ‘Kasaplar Camii' olarak bilindi. Çünkü Kazlıçeşme, hayvan kesiminin yapıldığı, dericilik ve tabaklama tesislerinin bulunduğu bir sanayi bölgesiydi ve bu sanayi bölgesinin de esas esnaf grubunu kasaplar oluşturuyordu. Kasaplar Camii'nin bir cemaati yok artık.”

Zaman