Aykut Küçükkaya 16 Ocak 1973’te Zonguldak’ta doğdu. İlk, orta ve lise öğrenimini Zonguldak’ta tamamladı. 1994’te İstanbul Üniversitesi İletişim Fakültesi Gazetecilik Bölümü’nü bitirdi. Aynı yıl Cumhuriyet’te “gece muhabiri” olarak çalışmaya başladı. Küçükkaya’nın, Türkiye’de yaşanan yolsuzluklar üzerine yayımlanmış beş araştırma kitabı bulunuyor. Gezi Direnişi isimli eseri Prof. Emre Kongar’la birlikte kaleme aldı. Bu kitap PEN Türkiye tarafından 2013 yılının Temmuz’un da “Ayın Kitabı” seçildi. İslami holdingler ve yeşil sermaye alanında Türkiye’deki en uzman isimlerden olan Küçükkaya, kamuoyunun yıllarca yakından takip ettiği Deniz Feneri skandalını haberleriyle ortaya çıkardı, kitaplaştırdı.
Cumhuriyet’te yaptığı özel haber ve araştırmalarıyla Türkiye Gazeteciler Cemiyeti (TGC) Sedat Simavi Gazetecilik Ödülü, Milliyet Abdi İpekçi Yılın Gazetecilik Ödülü, Çağdaş Gazeteciler Derneği (ÇGD) Uğur Mumcu Araştırmacı Gazetecilik Ödülü, TGC Çetin Emeç Gazetecilik Ödülü, Ekonomi Gazetecileri Derneği (EGD) Nezih Demirkent Gazetecilik Ödülü, TGC Yılın Başarılı Gazetecisi Ödülü ve ÇGD Yılın Haber Ödülü’nün de aralarında bulunduğu 14 gazetecilik ödülüne layık görüldü.
Bombalı-silahlı suikastlerle katledilen Türk basınının simge isimleri Abdi İpekçi, Çetin Emeç ve Uğur Mumcu adına verilen gazetecilik ödüllerinin tamamına layık görülen tek gazetecidir. TGC ve Türkiye Gazeteciler Sendikası üyesi olan Küçükkaya, 4 yıl boyunca gazetenin Sorumlu Yazıişleri Müdürlüğü’nü ve Haber Müdürlüğü’nü üstlendi. 2017 yılında Haber Koordinatorlüğü’ne getirildi. Cumhuriyet Vakfı tarafından Genel Yayın Yönetmenliği’ne atanan Küçükkaya, evli ve bir çocuk babasıdır.