Komisyon'un raporuna göre, Türkiye ve Rusya'da dini özgürlükler geçen yıl içinde kötüleşti. Raporda, özel endişe uyandıran ülkeler listesi de bulunuyor ve komisyonun tavsiyesini dikkate alırsa ABD Dışişleri Bakanlığı tarafından bu listede yer alan ülkelere belli yaptırımlar uygulanabiliyor. Türkiye ve Rusya'nın da dahil edildiği izleme listesi ise insanların istediği gibi ibadet etme hakkının riskli olduğu ülkelere işaret ediyor ve bir çeşit uyarı niteliği taşıyor. Geçen yıl izleme listesinde olan Bangladeş, ülkedeki iyileşmeler göz önüne alınarak bu yıl listeden çıkarıldı. İzleme listesinde Türkiye, Rusya, Laos, Somali, Tacikistan, Venezuela, Afganistan, Belarus, Küba ve Mısır bulunuyor. Özel endişe uyandıran ülkeler listesinde ise Nijerya, Myanmar, Çin, Eritre, İran, Irak, Kuzey Kore, Pakistan, Suudi Arabistan, Sudan, Türkmenistan, Özbekistan ve Vietnam yer alıyor. Türkiye'nin izleme listesine ''laikliği yorumlama şekli'' çerçevesinde girdiği raporda yer alırken, ''bu durumun dini özgürlük ihlalleriyle sonuçlandığı'' ifadesi kullanıldı. Raporda, üniversitelerde türban takılmasına izin verilmesi yönündeki hükümet çabasının Anayasa Mahkemesi tarafından geri çevrildiği de yer aldı. Raporda ayrıca, ''hükümetin, dini azınlıkları yasal varlıklar olarak tanımayı reddettiği ve polisin Müslüman olmayan toplulukların yasal ve dini haklarını etkili bir biçimde bastırdığı'' iddia edildi. ''Dini azınlıkların mal sahibi olma, kendi din adamlarını yetiştirme, dini eğitim verme haklarının kısıtlandığı'' ileri sürülen raporda, Türk devletinin laikliği yorumlama şeklinin, bazı dini özgürlük ihlalleriyle sonuçlandığı, bu durumdan hem dini çoğunluğun hem de dini azınlıkların payını aldığı bildirildi. Komisyon'un, dini özgürlükler konusundaki kısıtlamaların devam etmesi nedeniyle Türkiye'yi bu yıl izleme listesine almaya karar verdiği de raporda vurgulandı. Raporda, Komisyon üyelerinin 2006 yılında Türkiye'yi ziyaret ettiği ve dini liderlerle yapılan görüşmelerde, özellikle son on yılda dini özgürlükler konusundaki ilerlemeleri dile getirdiklerine işaret edildi. Ancak raporda, ''Sünni Müslüman toplum ile Alevilerin ve Hristiyanların durumuna bakıldığında'' dini özgürlükler konusundaki endişelerin devam ettiği savunuldu. Komisyon raporunda, ABD Başkanı Barack Obama yönetiminden, uluslararası dini özgürlüklerden sorumlu bir özel temsilci atamasını da talep edildi. Komisyon raporunda, ''Türkiye'nin laiklik anlayışının Amerikan sisteminden farklılık gösterdiği ve Türk anlayışına göre kamu hayatındaki dini faaliyetler üzerinde devlet kontrolünü temsil ettiği'' ileri sürüldü. Türkiye'deki Musevilerin diğer Müslüman nüfuslu ülkelere kıyasla çok daha iyi koşullarda bulunduğu belirtilen raporda, ABD'nin Irak Savaşı sırasında Türk medyasında ve toplumunda ''Yahudi karşıtı'' yaklaşımların yoğunlaştığı ve bu yıl İsrail'in Gazze'deki askeri operasyonları sırasında da aynı yaklaşımın tekrarladığı savunuldu. Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın, Davos'taki paneli terk etmesi de raporda yer aldı. Raporda ''Ergenekon'' soruşturması kapsamında ortaya atılan iddialara ilişkin değerlendirmelere de atıfta bulunuldu. Komisyon raporunun Türkiye bölümünde, Amerikan hükümetinin Türkiye'yi dini özgürlükleri ilerletme konusunda yasal reformlar yapmaya davet etmesi istendi. Türk hükümetinin, Fener Rum Patrikhanesi'nin ''ekümenik'' statüsünü tanıması ve Heybeliada Ruhban Okulu'nu yeniden açılması konusuna da dikkat çekilen Komisyon raporunda, Ermeni Patriği'nin, bir Türk devlet üniversitesinde Ermeni dilinde fakülte açılması yönündeki talebinin karşılanması da yer aldı. Başbakanlık ve Diyanet İşleri Başkanlığı'nın, Alevi toplumuyla yakın çalışmaya cesaretlendirilmesi, kişinin hangi dine mensup olduğunun nüfus kağıtlarından kaldırılması da tavsiye edildi.