AİHM, ''Yunanistan'ın, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesinin (AİHS) din ve vicdan özgürlüğüyle ilgili 9. maddesini ihlal ettiğine'' hükmetti. AİHM, Aga'nın, düşünce ve ifade özgürlüğüyle ilgili AİHS'nin 10. maddesinin ihlal edildiği yolundaki şikayetini ise incelemeye gerek görmedi. İhlal kararının yeterli olduğu görüşüne varan ve para cezasına gerek görmeyen AİHM, bununla birlikte Yunanistan'ın, mahkeme masrafı olarak yaklaşık 3 bin avro ödemesini kararlaştırdı. Yunanistan, Batı Trakya'daki Müslüman azınlığının oylarıyla 17 Ağustos 1990'da İskeçe müftüsü seçilmesine rağmen, Aga'nın yerine tayinle başka bir müftüyü işbaşına getirmişti. Yunanistan'daki mahkeme, İçişleri Bakanlığı kararına rağmen, müftülüğe devam ettiği gerekçesiyle Mehmet Aga'ya önce hapis cezası vermiş, ancak daha sonra bunu para cezasına çevirmişti.