Merkezi Haberalma Teşkilatı (CIA) başında bulunan Leon E. Panetta Savunma Bakanlığı'na, Afganistan'daki NATO birliklerinin komutanı olan General David H. Petraeus ise CIA'in başına geliyor. Obama hükümetindeki bu görev değişikliğine neden ise halihazırdaki Savunma Bakanı Robert M. Gates'in yakında emekliye ayrılacak olması. Önümüzdeki yaz ayında emekliye ayrılması beklenen Gates'in yerine uzun zamandır bu göreve istekli olduğu öne sürülen ABD Genel Kurmay Başkanı Mike Mullen yine atanmadı. Gates, görevinden ayrılması durumunda yerine birlikte iyi bir ekip çalışması örneği verdiği Dışişleri Bakanı Hillary R. Clinton'ın gelmesini umut etiğini daha önce dile getirmişti. Gates'ın bu isteği Başkan Barack Obama tarafından kulak arkası edilirken ikilinin arasını Libya sorunun açtığı öne sürüldü. New York Times gazetesi, Gates'in emekliye ayrılması konusunun biranda gündeme gelmesini, Libya'daki sorunun çözümü için bu ülkeye asker gönderilmesi konusunda Obama ile yaşadığı görüş ayrılığını neden olduğunu savundu. Gates'ın yerine CIA başında bulunan ve akademisyen geçmişe sahip olan Panetta geliyor. Obama ve Kongre ile iyi ilişkileri bulunan Panetta, başında bulunduğu kurumun Geroge W. Bush döneminde karışmış olduğu işkencelerin soruşturmasını da yürüten isimdi. Panetta'dan boşalacak makama getirilecek olan General Petraeus, ne Başkan Obama ile ne de Kongre üyeleriyle yakın ilişkisi bulunmuyor. Ancak Afganistan'dan önce Irak'ta da görev yapmış olan General'in istihbarat konusunda tecrübeli olması onu CIA'in başına gelmesindeki en önemli ayrıcalığı olarak yorumlanıyor. Obama hükümeti kabinesinde bir başka değişiklikte İçişleri Bakanlığı'nda olacak. Halihazırda bakan olan James B. Steinberg'ın bu görevden ayrılarak asıl mesleği olan akademi dünyasına dönmek istediğini açıkladı. Steinberg, Obama hükümetinde özellikle Çin ile yapılan pazarlıklarda kritik rol üstlenmesi ile tanınıyordu. Başkan Obama, Steinberg'den boşalacak olan İçişleri Bakanlığı için henüz bir isim açıklamadı.