İsrail ordusu içinde kurulan komisyonun raporunda, istihbarat toplanmasında kusurlu hareket edildiği, gemideki direniş potansiyelinin bu nedenle hafife alındığı ve planlamada hatalı davranıldığı belirtildi. Deniz kuvvetlerinin gemilere saldırısıyla ilgili soruşturmayı yürütmekten sorumlu yedek General Giora Eiland, gazetecilere yaptığı açıklamada, "Karar sürecinde, arzu etmediğimiz bir sonuca katkıda bulunan, nispeten yüksek düzeyde hatalar yapılmıştır" dedi. Bu soruşturma sırasında istihbarat toplama ve karar sürecinde profesyonel hatalar olduğunu ortaya çıkardıklarını kaydeden Eiland, "Özellikle İsrail komandolarının cesaretli ve çok profesyonel hareketiyle ilgili çok olumlu sonuçlara da vardık. Sadece hayatları tehlikede olduğunda güç kullandılar" diye konuştu. Soruşturmada, adli takibatı gerektirecek ihmallerden söz edilmedi. İsrail'de ordunun yaptığı soruşturmanın dışında, iki soruşturma daha yapılıyor.