Referandum Komisyonu tarafından açıklanan kesin olmayan sonuçlara göre oy kullananların yüzde 99'u, Güney Sudan'ın bağımsızlığından yana oy verdi. Açıklamada oyların yüzde 98,7'sinin de sayıldığı aktarıldı. Referandum, Afrika'nın en uzun iç savaşını sona erdiren 9 Ocak 2005 tarihinde Kenya'nın başkenti Nairobi'de imzalanan Kapsamlı Barış Anlaşması (CPA) kapsamında gerçekleştirilmişti. Güney ve Kuzey Sudan arasındaki gerilimden dolayı, referandum sonucunda bağımsızlık çıkmasına kesin gözüyle bakılıyordu. Komisyonun internet sitesinde yer alan bilgiye göre Kuzey Sudan'da ve ülke dışındaki oyların tamamı, Güney Sudan'daki oyların ise yüzde 98,7'si sayıldı. Elde edilen sonuçlara göre seçmenlerin yüzde 98,81'i bağımsızlıktan yana oy kullandı. Resmi sonuçların açıklanmadan önce komisyonun Hartum'da bulunan merkezine gönderilmesi gerekiyor. Güney'in, muhtemelen 9 Temmuz'da bağımsızlığını ilan etmesi bekleniyor. Bu arada ise Güney ve Kuzey Sudan'ın, ekonomilerini nasıl dağıtacakları, petrol zenginliklerini nasıl paylaşacakları ve sınırın nasıl belirleneceği konusunda anlaşmaya varmaları gerekiyor. Tartışmalı Abyei bölgesi ise Kuzey ve Güney arasında en sorunlu konuların başında geliyor. Abyei'de Güney'deki referandum ile aynı tarihte referandum yapılması planlanmış; ancak seçmen ehliyeti tartışmaları yüzünden referandum ertelenmişti. Abiye konusunda taraflar arasında çok ciddi sorunlar çıkabileceği tahmin ediliyor. Güney'in ayrılması halinde bölgenin önemli grubu Dinkaların da Güney'i takip edebileceği; ancak bölgenin bir diğer etnik grubu Arap aşireti Misseriya da buna karşı çıkacağı konuşuluyor. Misseiya aşireti lideri Muhammed Selam da ayrılık halinde savaşın patlak vereceği uyarısında bulunmuştu. Uzmanlar, ne Güney'in ne de Kuzey'in bir savaşın maliyetini kaldırmak istediğini veya kaldırabileceğini düşünmüyor. Güney'in gelirinin yüzde 98'i, bölgede çıkan ancak Kuzey'deki rafinerilerde işlenen petrolden geliyor. Kuzey ve Güney arasında petrol, ideoloji, etnik farklılıklar ve din gibi sebeplerden dolayı çıkan kıtanın en uzun iç savaşında 2 milyondan fazla kişi hayatını kaybetmişti.