Roma Katolik Kilisesi'nin ruhani lideri Papa'nın Almanya'daki konuşmasında Hz. Muhammed konusunda kullandığı ifadelerin İslam dünyasında yol açtığı tepkiler, Vatikan'ın güvenlik kaygılarını da artırdı. Papa'nın, yanlış anlaşıldığı biçimindeki beyanatlarının ortamı tam olarak yatıştıramaması, 16'ncı Benedict için güvenlik önlemlerini de ön plana çıkardı. İtalya'nın olası saldırıları göz önüne alarak, gerek Vatikan'da gerekse Papalık Sarayı çevresinde güvenlik önlemlerini artırdığı bir dönemde, 16'ncı Benedict'in kasım sonunda Türkiye'ye yapacağı seyahat de güvenlik açısında ciddi bir kaygı uyandırıyor. Vatikan, Papa 16'ncı Benedict'in Türkiye'ye yapacağı seyahatle ilgili olarak Türk makamlarının güvenlik açısından güvence vermesini bekliyor. Papa tehdit mesajları alıyor Uzmanlar, Papa'nın Türkiye'ye yapacağı seyahatle ilgili güvenlik kaygısının ortaya çıkmasında, baş gösteren gerginliğin yanı sıra Ortadoğu'daki kimi terör örgütlerinin internet aracılığıyla yayımladığı tehdit mesajlarının da etkili olduğunu belirtiyor. Ayrıca, 1981'de İkinci John Paul'ü hedef alan suikast girişiminin tetikçisi Mehmet Ali Ağca'nın son günlerde Batı medyasına da yansıyan mektubunun da Papa'nın güvenliği bakımından endişeye yol açtığına işaret ediliyor. Ağca, avukatı aracılığıyla cezaevinden yayın organlarına ulaştırdığı 18 eylül tarihli mektubunda, "can güvenliği tehlikede, Papa Türkiye'ye gelmesin" demişti. İsviçreli Muhafızlar Alayı başta olmak üzere Papa'nın güvenliğini sağlamakla yükümlü birimler, 16'ncı Benedict'in Türkiye ziyareti sırasında, devam eden gerginlik nedeniyle olağanüstü güvenlik önlemi alınması kanaatinde.