Yeni üniversitelere rektör atanmasıyla ilgili kanunun Anayasa Mahkemesi tarafından iptal edilmesi üzerine boşluk meydana geldi. Eski üniversiteleriyle ilişiği kesilen fakülteler, yazılarını onaylatacak rektör bulamıyor. 15 yeni üniversite kurulmasına ilişkin düzenleme ciddi bir sıkıntıyla karşı karşıya. Yeni üniversitelerin kurucu rektörlerinin Milli Eğitim bakanı ve başbakanın önereceği 3 isim arasından atanmasını öngören yasa hükmü sorunun çıkış noktasında yer alıyor. Köşk'ten veto yedikten sonra ikinci kez Meclis'ten geçirilen madde, bu defa Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer’in talebi üzerine Anayasa Mahkemesi tarafından iptal edilmişti. Karar, söz konusu üniversitelere bağlanması kesinleşen fakülte ve yüksekokulları sahipsiz bıraktı. Eski üniversiteleri ile irtibatları kopan ve yeni rektörleri de atanamayan fakülteler tam anlamı ile ortada kaldı. İdari işlemler neredeyse durdu. Dekanlar ve yüksekokul müdürleri, belirsizliğin öğrencilerin özlük haklarını da etkileyeceğine dikkat çekiyor. İdareciler, akademik takvimin sağlıklı şekilde devamı için rektörlük atamalarının bir an önce yapılmasını istiyor. Alınan bilgilere göre, 15 ile üniversite kurulmasına ilişkin kanunun 17 Mart'ta kabul edilmesinin ardından ilgili fakülte ve yüksekokullara, bağlı bulundukları rektörlükler ‘Bizden ayrıldınız, başınızın çaresine bakın’ mesajı gönderdi. Bu sırada rektör ataması ile ilgili kanun Anayasa Mahkemesi'nce iptal edilince yeni üniversitelerin durumu belirsizleşti. Daha önce Gazi Üniversitesi'ne bağlı olan Kastamonu Eğitim Fakültesi, Orman Fakültesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Hemşirelik Yüksekokulu ve Beden Eğitimi Spor Yüksekokulu ile Ankara Üniversitesi'ne bağlı Kastamonu Meslek Yüksekokulu'nun kurumlarıyla ilişiği kesildi. Yazışma yapamamaktan yakınan Kastamonu Fen Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Abdullah Günen, “Öğrencilerimizin özlük hakları kaybolabilir.” diyor. Bundan sonra ne olacağını kimsenin bilmediğine dikkat çeken Günen şöyle konuşuyor: "Yeni kanunda, ‘Fakülte ve yüksekokullar her şeyiyle kurulan üniversiteye devrolunur.' diyor. Ancak daha rektör atanmadı, atanana kadar biz ne yapacağız? Yazdığımız resmi yazılar kabul edilmiyor. Senatoya almıyorlar. YÖK'e göre rektörlükler haklı.” Kastamonu Eğitim Fakültesi’nin Dekanı Prof. Dr. Yılmaz Şendurur da sıkıntılarını şöyle anlatıyor: “Öğrencilerimiz hasta oldu, Ankara’ya sevk ettik; ama rektörlük ‘bizim öğrencimiz değil’ diyerek sevki kabul etmedi. Şu anda sahipsiziz.” Kastamonu Meslek Yüksekokulu Müdürü Prof. Dr. Bahri Gökçebay ise sıkıntının kanuna ek bir madde konulmamasından kaynaklandığına inanıyor: “Hükümet üniversite kanununu çıkarırken ek bir madde ile ‘yeni üniversitelerin gerekli kurulları oluşuncaya kadar mevcut üniversitenin rektörlüklerine bağlılıkları devam eder’ deseydi sorun yaşanmazdı.” Trabzon Karadeniz Teknik Üniversitesi’ne bağlı Rize’deki 4 fakülte ve 2 meslek yüksekokulu da Rize Üniversitesi’ne bağlanma yolunda aynı sıkıntıları yaşıyor. Üniversiteye rektör atanmadığı için fakülte dekanları hiçbir projeyi hayata geçiremiyor. Rize Fen Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Nazmi Turan Okumuşoğlu, fakültenin aldığı kararlarda rektörlük makamının onayına gerek duyulduğunu, fakat şu anda böyle bir makamın olmadığını vurguluyor. Faaliyetlerini eski bütçelerinden kalan para ile sürdürmeye çalıştıklarını kaydeden Okumuşoğlu, kaynak bitince bu çalışmaların da tamamen duracağını söylüyor. Rize İlahiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Kemal Sandıkçı ise rutin harcamalar dışında ileriye dönük ciddi çalışmalar yapamadıklarını aktarıyor.