Sezer seçimlerde en yüksek oyu almasına rağmen Akbıyık yerine Kılıç'ı atadı. Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer, Başbakan Tayyip Erdoğan'ın Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi'nde açılış yapmasına karşı çıkan Rektör Prof. Dr. Yaşar Akbıyık'ı veto etti. "Siyasiler üniversitelere gelmemeli" diye bildiri yayınlayan Akbıyık için Erdoğan, "Bu tür rektörlerin olduğu yerde tabii ki anarşi olur, terör olur" demişti. Cumhurbaşkanı Sezer üniversitede en yüksek oyu almasına karşın Prof. Dr. Akbıyık yerine Prof. Dr. Atilla Kılıç'ı atadı. Sezer ayrıca Kırıkkale Üniversitesi Rektörlüğüne ise Prof. Dr. Murat Çakmak'ı atadı. Abant İzzet Baysal Üniversitesi'nde yapılan rektörlük seçimlerine 6 aday katıldı. Seçim sonuçlarına göre, Rektör Akbıyık 171'le en yüksek oyu alan aday oldu. Sıralamaya giren beş rektör adayı YÖK'e gönderildi. YÖK'te yapılan oylamada en çok oyu alan Prof. Dr. Akbıyık üçüncü sıraya yerleştirilerek Cumhurbaşkanı'na gönderildi. Cumhurbaşkanı'na giden listenin birinci sırasında ise üniversitede yapılan rektörlük seçimlerinde 97 oyla ikinci olan Prof. Dr. Atilla Kılıç yer aldı. YÖK'ün sürpriz kararının ardından gönderilen listeden herhangi bir adayı rektör olarak atama hakkına sahip olan Sezer tavrını YÖK'ten yana koydu. YÖK'ün listesinde birinci sırada bulunan Kılıç'ı yeni rektör olarak atandı. Akbıyık imam hatip lisesi mezunuydu. Başbakan Tayyip Erdoğan'ı geçen yıl yapılan Bolu ziyaretinde karşılamaya gelmeyen ve temel atma törenlerine katılmayan Rektör Akbıyık yayınladığı bildiride, "Siyasiler üniversitelere gelmemeli" demişti. Temel atma töreninde konuşan Başbakan, üniversitenin açılış törenlerine genel başkan olarak değil, bir başbakan sıfatıyla geldiğini söylemiş ve Rektör Akbıyık'ın üniversitede hiçbir emeği olmadığını, devletin görevlendirdiği bir memur olduğunu söylemişti. Erdoğan'ın, "Bu tür rektörlerin olduğu yerde tabii ki anarşi olur, tabii ki terör olur" sözleri siyasilerce uzun süre tartışılmıştı.