Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) tarafından açıklanan 2013 Yüksek Öğretime Geçiş Sınavı (YGS) ve Lisans Yerleştirme Sınav (LYS) Sınav İstatistiklerine göre Özel İstanbul Fatih Fen Lisesi sınav ortalamaları ve branşların toplamında Türkiye şampiyonlukları elde etti. Fatih Koleji, 5 Türkiye birinciliği, 5 Türkiye ikinciliği ve 4 Türkiye üçüncülüğü ile büyük bir başarı yakaladı. 

Kurulduğu günden beri 10 Türkiye birincisi, 9 Türkiye ikincisi ve 9 Türkiye üçüncüsü çıkararak üniversite sınavlarının şampiyonu olan Fatih Koleji, 2013 LGS ve LYS sonuçlarında okul bazında 14 derece aldı. Olimpiyat başarıları ile anılan Fatih Koleji, Türkiye genelinde 8 bin 536 okulun katıldığı 2013 YGS ve LYS sınavlarındaki okul başarısı ile üniversite sınavlarının Fatih'i oldu. 

Altı bölümden oluşan YGS sınavında 3 birincilik, 3 ikincilik kazanan Fatih Koleji, YGS Matematik alanında Türkiye birincisi, Fen ve Sosyal alanında Türkiye üçüncüsü oldu. LYS sınavında ise Geometri alanında Türkiye birincisi, Fizik alanında Türkiye ikincisi, Felsefe alanında Türkiye üçüncülüğü kazandı. Fatih Koleji, LYS ortalamasında ise Matematik ve Fen alanında Türkiye ikincisi, Türkçe ve Matematik alanında ise Türkiye üçüncüsü olarak büyük bir başarıya imza attı.