Adayların 2. ek yerleştirmede tercih yapabilmesi için 2006- ÖSYS merkezi ve ek yerleştirmede hiçbir yere yerleştirilmemiş olmak gerekiyor. 2006 yılında özel yetenek sınavıyla öğrenci alan yükseköğretim programlarına kesin kayıt yaptırmış olan adaylar 2. ek yerleştirmeye başvurabilecekler. Bu çerçevede, merkezi yerleştirmede kontenjanı dolmayan ve en küçük puanı oluşmayan yükseköğretim programları, ilgili puanı hesaplanmış tüm adaylar tarafından tercih edilebilecek. 2. ek yerleştirmeye ilişkin kılavuz, 16-18 Ekim 2006 tarihleri arasında ÖSYM'nin internet sitesinde yayınlanacak. Adaylar, tercih formlarını internet üzerinden gönderebilecekler. Başvuru süresi 18 Ekim’de sona erecek ve uzatılmayacak. İlk ek yerleştirme sonucunda üniversitelerin ön lisans ve lisans programlarında toplam 43 bin 255 boş kontenjan bulunuyor. Devlet üniversitelerinin lisans programlarında 8 bin 141, vakıf üniversitelerinin lisans programlarında 9 bin 268, KKTC'deki üniversitelerin lisans programlarında da 6 bin 966 olmak üzere toplam 24 bin 375 boş kontenjan kalmıştı.