YÖK'ün yeniden yapılandırılması gerektiği hususunda toplumsal uzlaşı olduğunun da altını çizdi. Cumhurbaşkanı Gül, katıldığı Uluslararası Yükseköğretim Kongresi'nde üniversitelerin dünya sorunlarına duyarlı mezunlar yetiştirmesi gerektiğini ifade etti. Üniversitelerin küresel liderlik konusuna daha fazla odaklanması gerektiğini dile getiren Gül, "Üniversitenin bilimsel nitelikleri ve kalitelerinden asla ödün verilmemelidir. Üniversitenin esas iç işlevini ve fonksiyonunu zayıflatacak davranışlardan kaçınmak gerekiyor. Bu konuda her şeyi de devletten beklemek yetersiz. Üniversitelerimiz finansman açısından da bir çeşitlenmeye gitmelidir. Üniversitenin kaynaklarını çeşitlendirmek için toplumun yanı sıra devletin ilgili birimleriyle ve iş dünyasıyla kuracağı ilişkiler üniversitenin bağlarını güçlendirecektir." dedi. YÖK'ün kuruluşu dönemindeki Türkiye ile şimdiki Türkiye arasında çok farklar bulunduğunu kaydeden Cumhurbaşkanı, YÖK'ün görev ve rolünün değişmesi gerektiğini ifade etti. YÖK'te zaman zaman bazı değişiklikler ve bazı düzenlemeler yapıldığını hatırlatırken, "Bunların yeterli olmadığı kanaatindeyim. YÖK kurulduğunda 27 üniversite vardı. Bugün bu sayı 160'ı geçmiştir. YÖK'ün artık yeniden yapılandırılması gerektiği hususunda geniş bir toplumsal uzlaşı söz konusu. Bu konuda yapılacak tartışmalara önem veriyorum. YÖK artık üniversiteleri kontrol altında tutmaya adanmış bir kurum olmaktan çıkmalı. Üniversiteler arasında koordinasyon sağlayan ve bunların performansını izleyen bir kurum olmalıdır." diye konuştu. Cumhurbaşkanı Gül, YÖK'ün icracı bir kurum olmaktan çıkıp, genel stratejileri belirleyen bir yapıya kavuşturulmasını önerdi.