2013 sonuna yetiştirilmesi hedeflenen projedeki değişiklikle, Ankara-İstanbul arası seyahat süresi 10 dakika kısalarak 3 saate, hattın uzunluğu da 533 kilometreden 523'e inecek. Ankara-İstanbul arası seyahat süresini 3 saat 10 dakikaya indirecek Yüksek Hızlı Tren (YHT) projesinin ikinci etabında zorunlu bir değişikliğe gidiliyor. Mevcut projede, Eskişehir ve Pamukova'dan sonra 33,5 kilometrelik 'Geyve-Doğancay-Arifiye-Sapanca' güzergâhının takip edildiği hatta Arifiye by-pass ediliyor. Böylece hat, 10,5 km daha kısalırken Geyve'den sonra 22 bin 900 metrelik tünel ve viyadükler takip edilerek Sapanca'ya çıkılıyor. Değişikliğin altında; YHT'nin 'Geyve-Doğancay-Arifiye-Sapanca' güzergâhında hızını 80 km'ye kadar düşürecek olması yatıyor. Devlet Demiryolları (TCDD) da hızlı trenin bu mevkide 80 km hıza kadar düşmesini istemiyor. Sorunu, tünel ve viyadük yaparak aşmak istiyor. Değişiklikle Ankara-İstanbul arası seyahat süresi 10 dakika kısalarak 3 saate, hattın uzunluğu da 533 km'den 523 km'ye düşecek. TCDD yetkilileri, 'Doğançay Ripajı' olarak anılan 22,9 kilometrelik tünel ve viyadük inşaatı için 21 Şubat'ta ihaleye çıktı. İhaleye, Türk ve yabancı ortaklığından oluşan 3 konsorsiyum teklif verdi. Kazanan firma 21 ayda inşaatı teslim edecek. TCDD, Ankara-İstanbul hızlı tren seferlerini 2013'ün sonuna yetiştirmeye çalışıyor. 2 bin 62 kişi hattı anılan tarihe yetiştirebilmek için 3 vardiya 24 saat çalışıyor. 'İnönü-Vezirhan', 'Vezirhan-Köseköy' olmak üzere iki kesimden oluşan Eskişehir-İstanbul etabının altyapı çalışmaları, İnönü-Vezirhan kesiminde yüzde 65, Vezirhan-Köseköy kesiminde ise yüzde 70 oranında gerçekleşti. Üstyapı ve elektromekanik işlerine başlandı ve 14 kilometrelik ilk raylar döşendi. Mahkeme, ikinci etabı 3 yıl geciktirdi Hızlı tren projesinin iki kesimden oluşan 'Ankara-Eskişehir' ve 'Eskişehir-İstanbul' etabının inşaat çalışmasına eşzamanlı olarak başlayıp tamamlanması amaçlanırken evdeki hesap çarşıya uymadı. İhaleyi kaybeden firma yargıya başvurdu ve 3 yıl sonra mahkemede TCDD haklı bulundu. Projenin ikinci etabı olan Eskişehir-İstanbul iki kesim olarak 8 Ağustos 2005'te ihale edildi. İhaleyi, Çinli CRCC-CMC-Cengiz İnşaat-İbrahim Çeçen ortak girişim grubu, 1,27 milyar dolar teklif vererek kazandı. Ancak Yapı Merkezi, ihalede mali tekliflerin değerlendirilmesinde baz alınan 'indirgeme' yöntemine itiraz ederek Kamu İhale Kurumu'na (KİK) başvurdu. KİK'in başvuruyu kabul etmesiyle mahkeme süreci başladı. Yapı Merkezi'ni haklı bulan KİK, ihaleyi iptal etti ve düzeltici işlem yapılmasına karar verdi. İhaleyi kazanan ortak girişim grubu ise KİK'in kararının yürütmesinin durdurulması ve iptal istemiyle idare mahkemesine başvurdu. 2. etabın İnönü-Vezirhan bölümünün ihalesini inceleyen 3. İdare Mahkemesi, TCDD'nin ihaleye ilişkin kararını haklı buldu ve yürütmeyi durdurdu. İhaleyi inceleyen 9. İdare Mahkemesi, TCDD'nin kararını haksız buldu ve yürütmeyi durdurma talebini reddetti. Konsorsiyum, iki mahkemeden çıkan farklı kararı, bölge idare mahkemesine taşıdı. Mahkeme, yaptığı inceleme sonrasında TCDD'nin ihaleye ilişkin kararını yerinde buldu ve KİK'in kararının yürütmesini durdurdu. TCDD ortak girişim grubu ile 2006'da sözleşme imzaladı. Bu arada 3. ve 9. İdare Mahkemeleri davayı esastan görüşmeye başladı. Mahkemeler, önceki kararlarında ısrarcı oldu. Bu sürede ortak girişim grubu ile KİK, davanın Danıştay'da görülmesi için başvurdu. Danıştay, 18 Şubat 2009'da son noktayı koydu ve TCDD'yi haklı buldu.