Planı yapanlar, eylemin etkili olabilmesi için inanılmaz çalışmalar yapılmasını istemiş. Öncelikle müzenin okullarda tanıtımının yapılması ve çok öğrenci gelmesi öngörülmüş. Patlamanın da en çok öğrencinin geldiği saatlerde yapılması kararlaştırılmış. Şu cümle Türkiye'nin ne denli derin bir uçurumun kenarından döndüğünü özetliyor: "Öğrenciler projenin en önemli parçası." "Sıkıntı çıkmasın. Bşk takip ediyor" şeklinde notların bulunduğu planda şu ifadeler kullanılıyor: "Koç Müzesi'yle ilgili malzemeler yerine konulmak üzere operatöre ulaştırıldı. Müzenin ziyaretçilerini artıralım. Okullarda tanıtım, reklam ve organizasyon faaliyetleri yapılarak ziyaretçi yoğunluğunun en fazla olduğu zamanın belirlenmesini C. Bey söyleyecek. Öğrenciler projenin en önemli parçası. Operasyonun tarihini teyit edelim. C.G.'ye sadece E.U. üzerinden ulaşılacak. Başka kanal kullanmıyoruz. Aynı zamanda bilişim projelerinde de ortak çalışacaklar." Deniz Kuvvetleri Komutanlığı tarafından Koç Müzesi'ne hediye edilen Uluç Ali Reis Denizaltı'sında 14 Kasım 2008 tarihinde TNT kalıpları ve patlayıcılar bulunmuştu. Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınan bir şüphelinin bilgisayarında ele geçirilen belgede yer alan bilgilere göre, denizaltıya yerleştirilen TNT kalıplarıyla öğrencilere yönelik bir saldırı düzenlenecekti. Ancak plan tutmadı. 14 Kasım 2008'de denizaltının bakımından sorumlu müze çalışanı emekli Deniz Astsubay Hasan Oğuz İşyenel, santral dairesinde bir bölmede poşet içerisindeki bomba ve fitilleri buldu. Bombanın fark edilmesinin ardından dönemin Kuzey Deniz Saha Komutanı Koramiral Ali Feyyaz Öğütçü'ye haber verildi. Bombalar Beykoz SAS Grup Komutanlığı'na getirildi. Patlayıcılar, Kıdemli Üsteğmen Erhan Atasoy tarafından 17 Kasım 2008'de eğitim sahasında imha edildi. 19 Kasım'da düzenlenen görev sonuç raporunda patlayıcıların denizaltına ne zaman ve neden konulduğuna dair bulgu yer almadı. İddialar üzerine cumhuriyet savcısı Zekeriya Öz, 9 Temmuz 2009'da Koç Müzesi'nde keşif çalışması yaptı. Keşifte, TNT kalıplarının bulunduğu yerin unutulacak bir yer olup olmadığı tespit edildi. Denizaltıda, 1960 yılına ait Amerikan menşeli 2 adet 100 gr TNT içeren burgu fişeği, 1 adet 1 libre, bir buçuk libre patlayıcı kalıbı, ile 160 cm eski saniyeli fitil ve altı adet mekanik fünye bulunmuştu. ALIŞVERİŞ MERKEZİ İÇİN DE BENZER PLAN YAPILMIŞTI Benzer bir plan 3. Ergenekon iddianamesinin ek delil klasöründe yer alıyordu. Kaos oluşturmak için Ankara'daki bir alışveriş merkezinin, en yoğun olduğu saatlerde bombalanması tasarlanıyordu. Belgede binanın 3 kapısında da X-Ray cihazı bulunduğu belirtilirken kapalı otoparktan giriş yapıldığı takdirde bu sistemlerin devre dışı bırakılacağı ifade ediliyor. Planın ikinci basamağında saldırıda görev alacak tim 1'den 7'ye kadar numaralarla kodlanıyor. 1 numaranın açık ve kapalı otoparkın girişini kontrol edeceği, uygun maske ve malzeme kullanacağı, 2, 3 ve 4 numaralı kişilerin girişlerde bulunan güvenlik görevlilerini kontrol edeceği, 5 numaralı kişinin ise gerektiğinde aracı ile alışveriş merkezine doğru giden yolu trafiğe kapatacağı belirtiliyor. 6 ve 7 numaralar ile kodlanan kişilerin şartlar olgunlaştıktan sonra bombaları yerleştireceği şöyle ifade ediliyor: "6 numara, kendisine teslim edilecek çantayı buz pateni pistinin güneyinde bulunan yürüyen merdivenlere bırakacaktır. Uygun maske ve mazeretler kullanılacak. 7 numara, kendisine teslim edilen çantayı 1. katta bulunan elektrik kontrol odasının yanına bırakacaktır. WC'nin de o bölgede olmasından faydalanacaktır." ZAMAN