Sanıklarla avukatlarının eleştirilerini dikkate alan polisler, arama işlemlerinde azami dikkat gösterdi. Alınan bilgilere göre, Ergenekon soruşturmasını yürüten İstanbul Cumhuriyet savcıları Zekeriya Öz, Ercan Şafak, Fikret Seçen ve Murat Yönder imzasıyla 12 Nisan tarihinde İstanbul Emniyeti'ne resmi bir yazı gönderildi. El konulması gerektiği takdirde CD, disket veya taşınabilir hard disk numaralarının mutlaka tutanağa yazılmasını isteyen savcılar, "Arama yapılan kişi ve varsa vekilinin de imzalarının mutlaka alınması ve usulüne uygun olarak mühürlenmesi..." talimatını verdi. Söz konusu yazıda ayrıca diğer illerle koordinasyon kurularak belirtilen adreslerde eşzamanlı aramaların yapılması, aramaların CMK'ya uygun olarak makul zaman dilimi içerisinde, zorunluluk bulunmadıkça aramaların gündüz vakti yapılması gerektiğine dikkat çekiliyor. Ayrıca hakkında işlem yapılan şüphelinin avukat olduğunun tespit edilmesi halinde arama ve el koyma işlemleri sırasında CMK'nın 130. ile 1136 sayılı Avukatlık Kanunu'nun 58. maddesi hükümlerine riayet edilmesi, aramanın cumhuriyet savcısı denetiminde ve baro temsilcisinin katılımıyla yapılması istendi. Aramalar da kameraya çekilecek Yazıda yapılacak arama işlemlerinin ve el konulan malzemelerin, mutlak surette fotoğraf makinesi ve kamera gibi teknik cihazlarla kayda alınması istendi. Yine aramalarda ve el konulacak suç eşyaları ve dijital verilerle alakalı olarak CMK'nın 134. maddesinin uygulanması istenerek şöyle denildi: "Şifrenin çözümünün yapılması ve gerekli kopyalarının alınması halinde, el konulan (bilgisayar) cihazlar gecikme olmaksızın iade edilir. Bilgisayar veya bilgisayar kütüklerine el koyma işlemi sırasında sistemdeki bütün verilerin yedeklemesi yapılır."