Savunma ve İçişleri Bakanlarının kanundaki yetkilerine dayanarak Balyoz sanığı komutanları açığa alması Sivil idarenin Türk Silahlı Kuvvetleri üzerindeki yetkilerini de tartışmaya açtı. Tartışmalar devam ederken; sivil mülki amirlerin İçişleri Bakanlığı'na bağlı olan Jandarmaya sicil notu vermelerini sağlayan yasal düzenlemenin 1993'ten bu yana uygulanmadığı ortaya çıktı. İlgili kanununa göre İl ve İlçe Jandarma komutanları hakkında Valilerin mülki sicil düzenlemesi yapmaları gerekiyor. Ancak, mülki amirler işte bu yetkilerini tam 17 yıldır kullanamıyorlar. Bunun sebebi ise Jandarma Genel Komutanlığı tarafından hazırlanan Subay ve Astsubay sicil yönetmeliğinin henüz kanuna uygun hale getirilmemesi. Uzmanlara göre bunun tek bir sebebi var. Asker, sivil otoritelerin kendisine sicil vermesini kabullenemiyor. Bunun için de yıllardır bu uygulama yürürlüğe konulamıyor. Uzmanlar ayrıca, idari otoritenin elinde yetki olmasına rağmen bunu yıllardır kullanamamasını askerin sivile bir şekilde direnişi olarak da görüyor