28 Şubat darbesiyle ilgili iddianame, Ankara 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. TMK’nın 10. maddesiyle görevli Ankara Başsavcı Vekilliği’nin hazırladığı iddianamede 103 kişi, eski TCK’nın 147. maddesinde belirtilen ‘Türkiye Cumhuriyeti hükümetini cebren devirmeye, düşürmeye iştirak’ ile suçlandı. Sanıklara ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istendi. Dönemin Genelkurmay Başkanı Orgeneral İsmail Hakkı Karadayı’nın bir numaralı sanık olduğu iddianamede, dönemin Genelkurmay 2. Başkanı Çevik Bir 2, aynı zamanda Balyoz darbe planından dolayı ceza alan emekli Orgeneral Çetin Doğan ise 3 numaralı sanık olarak yer aldı.

İddianameye göre, Refah Partisi’nin 1994 yılında yapılan yerel seçimlerde başarı göstermesinin ardından TSK içinde bir grup, askerî müdahalede bulunmak için harekete geçiyor. İddianamede, gayri resmi olarak hangi tarihte oluşturulduğu tespit edilemeyen ve faaliyetlerini BÇG adı altında yürüten bu yapılanmanın 28 Şubat kararlarının alınmasını sağladığı belirtiliyor. 10 Nisan 1997 tarihine kadar hiçbir resmi belgede bu yapılanmanın izine rastlanılmadığı kaydediliyor. Dönemin Genelkurmay 2. Başkanı Çevik Bir imzalı 4 Nisan 1997 tarihli ‘çalışma grubu oluşturulması’ konulu belgeden de bahsediliyor. Söz konusu belgenin özel oturum notları bölümünde yer alan ifadelerden bazıları şöyle: “AMAÇ: Bugünkü ortamda öncelikli hedef DYP’nin çökertilmesi, dolayısıyla hükümetin derhal iktidardan çekilmesini sağlayıcı önlemler almaktır. ACİL Tedbirler: Hükümetin, RP’nin yumuşak karnının tespiti, menfaat çatışması yaratmak, DYP liderinin düşürülmesi, YAŞ/TSK’nın kararlılığını göstermek, TSK içinde irticaya karışmış olanları ayıralım.”

Zaman'da yer alan habere göre iddianamede 7 Nisan 1997 tarihinde Genelkurmay’da Çevik Bir başkanlığında yapılan toplantının ayrıntılarına yer verildi. Toplantıya katılanların hükümeti cebir ve şiddet uygulamak suretiyle ıskat etmek amacıyla bir grubun kurulması konusunda fikir birliği içinde oldukları belirtildi. Çevik Bir’in burada kullandığı, “Ülke Cezayir ve İran olmayacak. Öncelikle hükümetin devamını önleyecek, demokratik müesseseleri devreye sokacak çalışmalar yapılmalıdır” sözlerine yer verildi.

İddianamede kamuoyunun bilmediği çok sayıda plan da deşifre edildi. Ümit Harekat Planı, Yavuz Harekat Planı, Siyasal İslam’la Mücadele Planı gibi planlar detaylı biçimde anlatıldı. Siyasal İslam’la Mücadele Planı’nda, RP’nin oylarının yüzde 10’un altına düşürülmesi öngörülüyor. Baskı, zorlama, sindirme, pasifizasyon, yalan, iftira, inkâr yöntemleri ile mücadele edilmesi gerektiği anlatılıyor. Planda, “RP’nin marjinal bir parti haline gelmesi sağlanmalıdır. Türk demokrasisinin bir süsü olarak demokratik sistem içinde yerini almalıdır. Sivrisinekler değil bataklık kurutulmalı. Bataklık imam hatipler ve Kur’an kurslarıdır. Medya mutlaka ve mutlaka organize edilmeli ve kullanılmalı” deniliyor. 

28 Şubat iddianamesinde, askerlerle iktidar arasında geçen diyaloglara yer verildi. Buna göre, dönemin başbakanı Necmettin Erbakan'ın Yüksek Askerî Şûra'da, “Genelkurmay Başkanlığı'nın dini istihbarat raporları istihbarata değil yönlendirmeye dönük raporlardır. Genelkurmay’ın tehdit tespiti konusunda yetkisi yoktur. Tehdit tespiti konusunda yetki Anayasa’ya göre Bakanlar Kurulu’nun. Bu açık hükümler karşısında sizin kendi kendinize iç tehdit irtica demeye hakkınız yok" diyor. Bunun üzerine Teoman Koman söz alıyor: “Dedikleriniz doğru Sayın Erbakan, yetki elbette Bakanlar Kurulu'nun. Ancak Bakanlar Kurulu görevini yapmayınca biz durumdan vazife çıkartıyoruz.”

İddianamede, BÇG’nin dönemin Genelkurmay Başkanı İsmail Hakkı Karadayı, kuvvet Komutanları ve jandarma genel komutanının bilgisi dahilinde kurulduğu belirtildi. Bir’e bağlı olarak çalıştığı anlatıldı. BÇG’nin koordinatörlüğünü ise Çetin Doğan ile Kenan Deniz’in üstlendiği kaydedildi. Toplantıya  kuvvet komutanlıkları ile Jandarma Genel Komutanlığı’na bağlı personelin de katıldığı hatırlatıldı. “Bu şekilde askeri müdahale sürecine TSK’nın tüm unsurlarının katılımının amaçlandığı görülmüştür. Toplantının içeriği, herhangi bir davet ve yazışma yapılmaması göz önüne alındığında toplantının resmi faaliyet dışı olarak yapıldığı belirlenmiştir” denildi. BÇG’nin faaliyete geçmesiyle birlikte TSK’nın hiyerarşik yapısından bağımsız ve görev tanımları içinde bulunmayan bir istihbarat havuzu oluşturulduğu aktarıldı.