İşçi Partisi'nin Türk Silahlı Kuvvetleri'ne sızma projesi olarak bilinen soruşturma, aradaki ihtilaf sebebiyle sivil ve askerî savcılık tarafından ayrı ayrı yürütülüyordu. Ancak askerî yetkililer, 4 yıl sonra dosyayı sivil meslektaşlarına gönderme kararı aldı. 'Karargâh Evleri'yle ilgili soruşturma, MİT tarafından hazırlanan 330 sayfalık raporun 29 Mart 2007'de Genelkurmay Başkanlığı'na iletilmesiyle başlamıştı. İşçi Partisi'nin Türk Silahlı Kuvvetleri'ne sızma projesi olarak bilinen 'Karargâh Evleri'yle ilgili soruşturma MİT tarafından hazırlanan 330 sayfalık raporun 29 Mart 2007'de Genelkurmay Başkanlığı'na iletilmesiyle başladı. Söz konusu rapor, Genelkurmay Başkanlığı tarafından Hava Kuvvetleri Komutanı Faruk Cömert'e elden teslim edildi. Cömert'in emriyle 30 Mart 2007'de raporla ilgili soruşturma ve inceleme başlatıldı. Dönemin Hava Kuvvetleri Adli Müşaviri Hâkim Albay Ahmet Zeki Üçok tarafından TSK'da siyasî yapılanma adı altında soruşturma gizli yürütülüyordu. Ergenekon soruşturması kapsamında 21 Mart 2008'de İşçi Partisi Genel Merkezi'nde yapılan aramada ele geçirilen bir CD'de, askerî savcılığın yürüttüğü soruşturmaya konu olan belgeler bulunmuştu. Parti binasının dördüncü katında bulunan belgeler, Ergenekon'un terör örgütü irtibatının en büyük delili olarak değerlendiriliyordu. Soruşturmayı yürüten dönemin özel yetkili savcısı Zekeriya Öz, askerî savcılığın yürüttüğü 'İP/Karargâh Evleri' soruşturmasını Genelkurmay Askerî Savcılığı'ndan istedi. Ancak söz konusu soruşturma dosyası ısrarlı taleplere rağmen gönderilmedi. İlerleyen günlerde askerî savcıların, eski İstanbul Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı'nın odasında, Ergenekon savcılarıyla 'İP/Karargâh Evleri' konusunda görüşme yaptıkları ortaya çıktı. Söz konusu görüşmede askerî yetkililer, sivil savcıların yürüttüğü soruşturma ile ilgili 'görevsizlik' kararı vererek dosyanın kendilerine gönderilmesi istiyordu. Sivil savcılar ise dosyanın Ergenekon soruşturmasının önemli delillerinden olduğu için bu isteğe olumsuz cevap verdi. Toplantıdan bir sonuç çıkmayınca her iki savcılığın da soruşturmayı ayrı yürütmesine karar verildi. Ancak askerî yetkililer, 4 yıl sonra dosyayı sivil meslektaşlarına gönderme kararı aldı. Askerî Savcı Binbaşı Ali Fuat Kumral, söz konusu soruşturmada, 12 Ağustos 2001'de 'görevsizlik' kararı vererek dosyayı İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderdi. Kumral, soruşturmanın tek muhatabının sivil savcılık olduğuna, TCK'nın 220, 214 ve 216'ncı maddelerine göre dosyanın adliye mahkemelerinde görülmesine karar verdi.