Aralık 1999 tarihinde şikayetçi olan Yıldırım ailesi, aradan geçen zamana rağmen dava açılmayınca Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’ne başvurdu. Aile, davanın Türkiye’de sürüncemede bırakıldığını gerekçe gösterdi. Adalet Bakanlığı davanın Avrupa’ya taşındığını öğrenince İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı’na soruşturmanın akıbetini sordu. Bakanlığın sorusu üzerine dosya, faili meçhulden çıkarılarak Hizbullah aleyhine dava açıldı. İzzettin Yıldırım, 29 Aralık 1999’da kaçırıldıktan sonra ondan bir daha haber alınamadı. Yıldırım’ın cesedi 2000 yılında Hizbullah’a yönelik yapılan operasyonda Kartal’da bir evin bahçesinde sekiz cesetle birlikte bulunmuştu. Yıldırım’ın çocukları ve kardeşleri Hizbullah’tan şikayetçi olmuş, ancak yeterli delil bulunamadığı ve diğer cesetlerin kimlik tespiti yapılamadığı için herhangi bir dava açılmamıştı. Yıldırım ailesi, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’ne başvurdu. Soruşturmanın AİHM’ye taşındığını öğrenen Adalet Bakanlığı, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı’ndan İzzettin Yıldırım’a ilişkin soruşturmanın akıbetini sordu. Savcılık, bakanlığa verdiği cevapta, soruşturmanın halen devam ettiğini, yeterli delil olmadığı ve firari şüphelilerin yakalanması için dosyanın elde kalması gerektiğini bildirdi. Bunun üzerine, Yıldırım’ın öldürülmesine ilişkin dava 31 Mart 2006’da açılabildi. İddianamede yeterli delil olmadığı için dava dilekçesinde, bu konuda güvenlik güçlerinin ve Başsavcılığın herhangi bir ihmalinin söz konusu olmadığı vurgulandı. Altı yıldır devam eden soruşturma, 31 Mart 2006’da davanın açılmasıyla sonuçlandı. İzzettin Yıldırım’ın ağabeyi Cesim Yıldırım’ın müşteki olarak yer aldığı iddianame ile Hizbullah ana davasında örgüt lideri olarak yargılanan Hacı İnan, Cevat Işıklı, Abdulsettar Yıldızbakan, Burhan Ekineker, Mehmet Bayram Eren, Emin Ekici, Edip Gümüş, Cemal Tutar’a Türk Ceza Kanunu’nun 301. maddesine göre “cebir ve şiddet kullanarak Anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs etmek” ve adam öldürmek suçlarından dava açıldı. Yapılan ilk duruşmada sanıklar suçlamaları reddetti. İddianamede, Cesim Yıldırım ve avukat Yusuf Bedirhanoğlu’nun soruşturma açıldıktan sonra yapılan davetlere icabet etmediği, şikayet ve delilleri başsavcılığa sunmadığı belirtildi. Soruşturma kapsamında yapılan araştırmalarda İzzettin Yıldırım’ın Nur cemaatinin Med-Zehra grubu lideri ve Zehra Vakfı başkanı olduğu, özellikle Doğu Anadolu ve Güneydoğu Anadolu’da Müslüman Kürt kimliği ile Hizbullah’a rakip olacak bir şekilde görünüm aldığı, örgüt liderlerinin de bundan rahatsızlık duyduğu sonucuna ulaşıldığı aktarıldı. 29 Aralık 1999’da Yıldırım ile iş ve akrabalık bağları bulunan Mehmet Şehit Avcı ve Mehmet Kanlıbıçak’ın ortadan kayboldukları ve kaçırılmalarında istihbari bilgilerin Hizbullah’ı gösterdiği kaydedildi. Avcı ve Yıldırım’ın cesetlerinin DNA testi ile tespit edildiği; ancak aynı yerde ele geçen diğer cesetlerin kimliklerinin belirlenemediği, bu nedenle dosyanın ayrıldığı kaydedildi. Firari şüpheliler ve maktüllerin açık kimliklerinin tespiti için çalışmaların halen devam ettiği belirtilirken, şüphelilerden Hacı İnan’ın cesetlerden birinin Yıldırım’a ait olduğunu tahmin ettiğini belirttiği; ancak kimin öldürdüğü konusunda susma hakkını kullandığı ifade edildi.