Gerekli yakalama emrinin çıkarılmasının ardından emniyet güçleri için Ağca'yı yakalamak zor olmadı. Çünkü İstanbul Emniyeti gerekli tedbirleri başından beri almıştı. Ağca'yı takip eden ekipler, geçen pazartesi günü, GATA'dan Ağca'nın çürük raporu almasının ardından kendisini taşıyan otomobili takip etti. Otomobil Kartal'daki Özoba sitesine girince, uzaktan takip sürdü. Ağca'nın akrabaları yerine ailesiyle birlikte yaşayan eski dostunun evinde 5 gün boyunca kalması dikkat çekti. Polisler bu süre içinde, Ağca'ya hissettirmeden uzaktan takibi gece gündüz sürdürdü. Polis, Yargıtay'ın, Ağca'yla ilgili kararının açıklanmasının ardından, savcılıktan "yakala" emri gelmesini bekledi. Yargıtay, Ağca ile ilgili kararını Kartal Cumhuriyet Başsavcılığı'na faksladı. Savcılık da kararı hiç bekletmeden gereğinin yapılması için emniyete faksladı.İstanbul Emniyet Müdürü Celalettin Cerrah'ın acil talimatıyla Ağca'nın kaldığı Kartal Özoba Sitesi'ndeki eve İstanbul Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şubesi'nden bir ekip gönderildi. Polisler A Blok ikinci kattaki 4 No'lu dairenin zilini çaldı. Kapı açıldıktan sonra "Mehmet Ali Ağca'yı almaya geldik. Elimizde Kartal Cumhuriyet Başsavcılığı'nın yakalama kararı var" dedi. Bunun üzerine, içerde televizyondan kendisiyle ilgili haberleri üç arkadaşıyla seyretmekte olan Ağca, "Sizi bekliyordum" diyerek zorluk çıkarmadan teslim oldu. Daha sonra arkadaşının cep telefonu ile avukatı Mustafa Demirbağ'ı arayarak "Aldılar beni" dedi. İstanbul Emniyet Müdürlüğü'ne götürülen Ağca, 22.30'da önce Adli Tıp'a ardından Kartal Adliyesi'ne götürüldü, buradaki işlemlerden sonra da Kartal Cezaevi'ne daha önce tutulduğu odaya kondu.Herkesin yakalanamaz kaçacak dediği ortamda İstanbul Emniyeti Ağca’yı eliyle koymuş gibi buldu. Gazetecilerin nasıl yakalandığı ile ilgili soruları üzerine İstanbul Emniyet Müdürü Celalettin Cerrah “meslek sırrı “cevabını verdi