'Gazeteci-haber kaynağı' ilişkisinin ötesinde olduğu görülen buluşmalarda Balbay, dönemin üst düzey komutanlarını açıkça yönlendirmiş. Mustafa Balbay, Ergenekon davasının ek klasörlerine yansıyan toplantıların birinde, Kara Kuvvetleri Komutanlığı Kurmay Başkanı Org.neral Necdet Timur'un, "Ne yapmalı, mesela 28 Şubat benzeri bir girişim mi olmalı?" sorusuna, şöyle cevap veriyor: "28 Şubat devam ediyor deniyor ama... Bence irtica o günlerden daha fazla mesafe aldı. 28 Şubat benzeri durum diyorsunuz, ancak bu kez atılacak adım sonuç alıcı olmalı." 15 Ocak 2000'de komutanlarla yenilen bir öğle yemeğinde ise emekli Org. Doğu Aktulga, Kara Kuvvetleri Komutanı Atilla Ateş'e, "Komutanım bu iş sopayla olur, demeçle olacak şey değil." diye taktik vermiş. 31 Ekim 1999 Pazar günü KKK'da gerçekleşen yemekte emekli Orgeneral Doğu Aktulga, Balbay'ın bu cevabı üzerine, "Ben de onu diyorum. Bence de. Zaten 28 Şubat yeterince ileri gitmedi." uyarısında bulunuyor. Genelkurmay Başkanı Hüseyin Kıvrıkoğlu'nun, irtica konusunda yeteri kadar sert olmadığını düşünen Mustafa Balbay, "Laiklik konusunda ödün verileceğini düşünmüyoruz, ama Genelkurmay'ın takındığı yeni durum, karşı tarafı cesaretlendiriyor olmasın." diyerek komutanları uyarıyor. Sorunların eninde sonunda ordu tarafından çözüleceğini ifade eden 28 Şubat sürecinin beyni olarak nitelenen Orgeneral Doğu Aktulga, Atatürkçü Düşünce Derneği'ne (ADD) gireceğini söylüyor. "ADD falan tamam da bu CHP ayağa kaldırılmalı." diyen Orgeneral Necdet Timur ise medyanın yardım etmesi gerektiğini bildiriyor. Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi, Toktamış Ateş, Oral Çalışlar ve Aydın Engin gibi yazarlarının kaleme aldığı asker karşıtı yazıları için komutanlara açıklama yapıyor. Mustafa Balbay'ın günlüklerinde dikkati çeken bir diğer bölüm ise 15 Ocak 2000 Salı günü komutanlarla yenilen öğle yemeğine ait. Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Atilla Ateş, Kurmay Başkanı Orgeneral Necdet Timur, emekli Orgeneral Doğu Aktulga'yla gerçekleşen yemekte öncelikle komutanlar gündemi özetliyor. Balbay daha sonra yemekte bulunan komutanlara, "Her şey daha kötüye giderse, toplumun öteki kesimlerinde de beklenen canlanma olmazsa, Silahlı Kuvvetler ne yapar?" sorusunu yöneltiyor. Atilla Ateş bu soruya 'Gereken neyse o yapılır.' cevabını veriyor. Bu cevap üzerine araya giren Doğu Aktulga, "Komutanım bu iş sopayla olur, öteki yollar boşuna. Bu Fazilet komutanım, hemen kapatılması gereken bir parti." diye konuşuyor. Yaptığı konuşmalara basında yeterince yer verilmediğinden şikâyet eden Atilla Ateş'e Aktulga, "Komutanım, bu demeçle olacak şey değil, sopayla." diye konuşuyor.