Ergenekon'un talimatları doğrultusunda hazırlanan ve mahkemenin 'örgütsel doküman' olarak nitelendirdiği 'İmamın Ordusu' adlı çalışmanın taslağında yer alan notların bir kısmının kendisine ait olmadığını itiraf etti. Şık, "O notlar bir haber kaynağıma ait ama ismini açıklamayacağım." ifadelerini kullandı. Oda TV'ye düzenlenen operasyon sonrası gözaltına alınan ve çıkarıldığı mahkemece tutuklanan Ahmet Şık'ın, savcılık sorgusunda 'notlar' da gündeme gelmişti. Söz konusu notlarda, 'yukarıdaki bölüm yanlış yazılmış. Çünkü; siz ülkede kurgu Ergenekon operasyonu yapan cemaat çetesini anlatırken, konuyu değiştirdiniz. ... ifadesini düzeltiniz...' gibi emir içeren ifadeler yar alıyordu. Savcılık, söz konusu yazıların Ergenekon terör örgütünün talimatları doğrultusunda taslağa düşülen notlar olduğunu ileri sürdü. Şık ise sorgusunda hiç kimseden talimat almadığını, söz konusu notların kendisine ait olduğunu savunmuştu. Ancak aynı Ahmet Şık, haftalar sonra ifade değiştirdi. Aylık haber-yorum dergisi Express, nisan ayı sayısı için, Ahmet Şık'la mektup aracılığıyla röportaj yaptı. Şık'a 'neden böyle bir kitap yazdığı' sorulmuş. Şık, mevcut Ergenekon soruşturmasının 'derin' yapının üzerini örttüğünü savunuyor. Bunun için böyle bir kitap yazma ihtiyacı hissettiğini anlatıyor. Türkiye'deki 'derin' yapıyı ise 20 yıl öncesine, 1990'lara kadar dayandırıyor. Hanefi Avcı'nın 'Haliç'te Yaşayan Simonlar' kitabına sarılıyor. Devrimci Karargâh terör örgütü yöneticisiyle telefon görüşmeleri tespit edilen Avcı'nın da kendisi gibi 'kitap yazdığı için' tutuklandığını anlatıyor. Ahmet Şık, Ergenekon'un talimatıyla hazırlandığı ileri sürülen çalışmasında daha önce yazılan kitaplardan uzun alıntılar yaptığını da itiraf ediyor. Hiçbir delile dayanmayan ve kitaba aldığı cemaatle ilgili iddialarını yeniliyor. Ancak somut tek bir örnek veremiyor. HABER KAYNAĞIMI AÇIKLAMAYACAĞIM! Oda TV'de ele geçirilen 'Ulusal Medya 2010' belgesini ise görmediğini savunuyor. "İçeriğine bakarsanız, AKP ya da cemaat karşıtı olan ve bunu dillendiren herkes ETÖ üyesi olmaktan kendini cezaevinde buldu. Bilgi notlarında benim kitap yazdığım, o konuda Nedim'in beni çalıştırdığına dair ibareler var. Deli saçması şeyler." diyor. "Taslaktaki notların Ergenekon'un notları olduğu, senin ise savcılık sorgunda notların hepsini sahiplendiğin iddia ediliyor." sorusuna ise şöyle cevap veriyor: "Savcılıkta bana 'Bu notlar sana mı ait?' diye sorularak sadece iki-üç cümle okundu. Onlar aynen benim notlarımdı. Bana başka not okunmadı. Bilgim dışında Oda TV'ye gönderilen ya da oradaki bilgisayara konulan nüshada yer alan notlar savcı ya da hâkim tarafından bana sorulmadı. Bunları şimdi, tutuklanmamdan üç hafta sonra, gazetelerde görüyorum. O notlar haber kaynaklarımdan birinin, bana aktardığı bilgileri çek etmesi için kendisine verdiğim nüsha üzerine aldığı notlardır. Not olarak gönderilmiş öneriler ve görüşleri zaten kabul etmem, benimsemem mümkün değildi. Ama, tarih yanlışları vb. maddî hataları, hakaret teşkil edebilecek kısımları düzeltecektim. Bu notlardan sadece kitabın dokusuna, yani gazetecilik faaliyetime uygun olanları dikkate aldım, kişisel görüş içeren notları ise kullanmadım. Kaynaklarımın kimler olduğunu ise basın meslek kurallarına riayet ederek saklayacağım."