Prof. Dr. Alemdaroğlu, YÖK Genel Kurulu'nun 3 Eylül 2004 tarihli, 2004.9.63 sayılı kararı ve Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından bu karara istinaden İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü'nden alınmasına ilişkin işlemin iptali istemiyle dava açmıştı. İstanbul 6. İdare Mahkemesi, Cumhurbaşkanlığını hasım konumundan çıkararak YÖK'ün işlemini de icrai nitelikte görmemişti. Mahkeme, YÖK'ün kararının iptali istemini reddetmişti. Danıştay 8. Dairesi, yerel mahkemenin kararını bozmuştu. Daire, YÖK'ün kararını ''zincir işlem'' olarak değerlendirerek, yerel mahkemenin işin esasına girerek davayı sonuçlandırması gerektiğine işaret etmişti. Alınan bilgiye göre, bu kararın ardından, davaya yeniden bakan İstanbul 6. İdare Mahkemesi, söz konusu işlemlerin iptal istemini reddetti. Mahkemenin kararında, Anayasa'nın 138. maddesine göre yargı kararlarının uygulanması gerektiği anımsatıldı. Biçimsel nitelikte uygulamalarla yargı kararlarının etkisiz ve geçersiz kılınmasının söz konusu olamayacağı belirtilen kararda, aksine anlayış ve tutumun Anayasa'nın ve yasanın özüne ve sözüne olduğu kadar hukuk devleti ve hukukun temel ilkelerine de açıkça aykırılık oluşturacağının tartışmasız olduğu vurgulandı. ''GEREKLİLİK'' Alemdaroğlu'nun, İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü görevinden alınması işleminin 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun ek 1. maddesi uyarınca tesis edildiğinin anlaşıldığı belirtilen kararda şöyle denildi: ''Sözü edilen düzenleme incelendiğinde, rektörlerin gerektiğinde görevden alınabileceklerine ilişkin ek 1. maddedeki gereklilik halinin idari veya disiplin esasına dayalı olduğu hususunda bir ayırım yapılmadığı; gerek idari yönden, gerekse disiplin hukuku yönünden Yükseköğretim Genel Kurulu'nun bir rektörün görevden alınmasına kamu yararı amacıyla karar verebileceği, ancak bu kararın usulde paralellik ilkesi gereğince Cumhurbaşkanı'na sunulacağı ve rektörün görevden alınma işleminin Cumhurbaşkanı'nca yapılabileceği anlaşılmaktadır.'' Davacının, ''yargı kararlarının bir bölümünün uygulandığı, bir bölümünün ise bürokratik prosedürlerin yerine getirilmesi veya yasal engellerden dolayı uygulanmadığı veya geç uygulandığı'' yolundaki iddialarının yerinde bulunmadığı belirtilen kararda, yargı kararlarının ''aynen ve geciktirilmeksizin yerine getirilmesi hususuna riayet edilmediğinin anlaşıldığı'' kaydedildi. Kararda, bu nedenle, davacının rektörlük görevinden alınmasından ''gereklilik'' halinin mevcut olduğunun anlaşıldığı, dava konusu işlemde hukuka, kamu yararına ve hizmet gereklerine aykırılık görülmediği vurgulandı. Kemal Alemdaroğlu, kararı temyiz ederse dosya Danıştay'a gidecek.