Dönemin Emniyet İstihbarat Daire Başkanlığı C Şube Müdürü Ali FuatYılmazer ifadesinde, Dink’e yönelik bir eylem istihbaratı alındığında İstanbul Emniyet Müdürlüğü’nün koruma komisyonuna yazı yazmadığını ve istihbari çalışma yapmadığını belirterek, “Bunların hiçbirini İstanbul Emniyet Müdürlüğü yapmamıştır. Osman Hayal hakkında sahte bir tahkikat evrakı tanzim etmiş kusurunu örtmeye çalışmıştır” dedi. Yılmazer Dink suikastinin Ergenekon davası sanıklarından Veli Küçük kaynaklı olduğunun herkesçe bilindiğini iddia etti.

Yılmazer, dönemin Trabzon İl Emniyet Müdürü Ramazan Akyürek’in imzasıyla İstihbarat Daie Başkanlığı’na Dink’e karşı ses getirici bir eylemde bulunulacağı, Dink’in öldürüleceğine ilişkin tepitlerin yer aldığı yazı ve F4 raporunun kendisine sunulmadığını belirtti. Yılmazer, buraporun müdüre, başkan yardımcısına ve başkana sunulmasının zorunlu olup olmadığı sorusuna ilişkin ise, “Bu raporun sunulması o dönem itibari ile İstihbarat daire başkanı vekili olarak görev yapan Necmettin Emre’nin takdirine bağlıdır. Yani benim yerime bakan şube müdür vekili Tamer Bülent Demirel’in bu raporu sunup sunmaması konusunda bişey diyemem ama ben olsam sunardım” dedi.

Yılmazer, dönemin İstihbarat Daire Başkanı Sabri Uzun’un bazı basın yayın organlarında "Hrant Dink'i vuracaklar" yazılı raporun kendisinden saklandığına ilişkin beyanlarına yönelik ise, “Sabri Uzun ‘bu rapor bana verilseydi ben merkez koruma kuruluna yazı yazardım ve koruma tedbiri aldırırdım’ diyor. Fakat bu gerçeği yansıtan bir ifade değil. Bugüne kadar Sabri Uzun tarafından bir tane bile merkez koruma komisyonuna yazılmış bir tane bile yazı yoktur” dedi.

Savcı Doğan Yılmazer’e  Trabzon Emniyet Müdürlüğü tarafından  İstanbul İstihbarat Şube Müdürlüğü'ne 17 Şubat 2006’da gönderilen ‘Dink’e karşı ses getirecek eylem yapılacağı’ rapor ile İstihbarat Daire Başkanlığı’na 15 Şubat 2006’da gönderilen "Hrant Dink'in ne pahasına olursa olsun, öldürüleceği” notlarının farkını da sordu. Yılmazer ise İstanbul’a gönderilen yazıda "Hrant Dink'in ne pahasına olursa olsun, öldürüleceği " yönündeki bilginin olmadığını belirterek, bunu takdir edecek olan kişinin  Trabzon İstihbarat Şube Müdürlüğü sırasında Dink’e yönelik ilk eylem bilgisine ulaşan ve Erhan Tuncel’i yardımcı istihbarat elemanı yapan Engin Dinç olduğunu kaydetti. Yılmazer, “İstanbul’a gönderilen yazı bu hali ile tedbir alınması gerektirecek nitelikte bir yazıdır. İstanbul koruma alması gerekiyordu. Hatta istihbari operasyonel bir çalışma yapması gerekiyordu. Bu arada bunu Trabzon da yapması gerekiyordu” dedi.

Yılmazer, Trabzon Emniyet Müdürlüğü’nden gönderilen Dink’e yönelik ses getirecek eylem yapılacağının yazılı olduğu raporun ciddi bir yazı olduğunu belirtti. Yılmazer, “Kaldı ki bu bilgiye de gerek yok. Hrant Dink’in o dönemde nasıl bir tehdit altında olduğu konusu birimlerce bilinmektedir” dedi. Savcı Doğan’ın “bunu nereden biliyorsunuz” sorusu üzerine ise, “Bizim işimiz bu savcı bey. O dönemde basın yayın kuruluşlarında aleyhinde açılan davalardan dolayı aleyhinde yapılan protestolar nedeniyle basın yayın kuruluşlarına yoğun bir yansıma vardır. Dolayısı ile konu ile ilgili herkes bilgi sahibiydi. Kastettiğim birimler güvenlik birimleridir. Yani emniyet, MİT ve jandarmadır” dedi. Savcının “Siz bilgi sahibi miydiniz?” sorusuna ise, “Ben de Hrant Dink’e karşı yapılan bu eylemlerden haberdardım ve buna karşı bir tehdit atmosferi olduğunu biliyordum” şeklinde cevap verdi.

Yılmazer savcının Dink için istese de istemese de koruma tedbirleri alınması gerekli olup olmadığı sorusuna ise, “Dink’in talebine bakılmaksızın koruma verilmeliydi. Burada yetkili birim İl Koruma Komisyonudur. Ama Hrant Dink hakkındaki bu bilginin Koruma Komisyonuna mutlaka intikali zorunludur. Bunu Trabzon İstanbul' a bildirecek. İstanbul İstihbarat Şube Müdürlüğü de İl Koruma Komisyonuna yazı yazması gerekiyordu” diye yanıt verdi. Savcı Doğan, Dink’in korunması için İstanbul İstihbarat Şube Müdürlüğü’nün İl Koruma Komisyonu’na  İstihbarat Daire Başkanlığı ve Trabzon Emniyet Müdürlüğü tarafından istihbarat raporunun kendilerine bildirilmediği için başvurmadıklarını beyan ettiklerini anımsattı. Savcı Doğan Yılmazer’e bu konuda sorumluluğu olup olmadığını sordu. Yılmazer de, “Bir kere şahsi olarak benim sorumluluğum yok. Ben daha önce de belirttim. Evrakı görmedim. Görmediğim bir evraka işlem yapamam. İstanbul'a giden yazı gerçekten sonuç doğuracak bir eksiklik yaratıyorsa bunun sorumlusu o yazıyı yazan kişidir. İstanbul Eksik dediğinde Engin Dinç’e bunun hesabını sorsun” dedi.

Yılmazer, kendisine yöneltilen “Dink' in öldürülmesi ile ilgili Trabzon İstihbarat Şubesindeki LOG kayıtlarının tutulduğu bilgisayar serverlerinin EGM İstihbarat Daire Başkanlığına getirilip bu kayıtların silindiği doğru mu” sorusuna cevap ise bu konuda bilgisi olmadığı şeklinde yanıt verdi. 

Savcı Doğan, Yılmazer’e Dink cinayeti ile ilgili davada, mahkeme tarafından Dink'in öldürülmesinden önceki günlerde tehdit alıp almadığının sorulması üzerine İstanbul İstihbarat Şube Müdürü Ali Fuat Yılmazer imzalı “Dink'in öldürülmesinden önceki günlerde tehdit aldığını teyit eden herhangi bir bilgiye ulaşılamamıştır" şeklinde yazı düzenlendiğini anımsattı. Ancak Dink'in daha önce tehdit edildiğine ilişkin İstanbul Emniyet Müdürlüğü İstihbarat Şube Müdürlüğü arşivinde kayıt olduğunu kaydeden savcı, arşivde olan bu bilgilerin neden mahkemeye bildirilmediğini sordu. Yılmazer de, “Hrant Dink'in doğrudan tehdit alıp almadığına yönelik bilgi olup olmadığı sorulduğunu düşündük ve arkadaşlar bu yazıyı hazırladı. Ben de imzaladım. Öyle hatırlıyorum” dedi.

Savcı, Yılmazer’in bir televizyon programında Ergenekon soruşturması şüphelilerinin Dink cinayetiyle  ilgili olduğu beyanlarıyla ilgili de sorular sordu. Dink suikastinin Ergenekon soruşturmasına neden bağlanmadığı sorusuna, “Bu olayın Veli Küçük kaynaklı olduğunu herkes biliyor. Kamuoyunda yaygın bir kanı var. Hrant Dink' i öldüren sistem bu ülkede bir tehdittir. Ben bu tehditin üzerine gittim. Tespit ettiğim unsurları Terör ve Organize Şube Müdürlüğüne bildirdim. Delillendirme yapma onların görevidir. Orada bu delillendirme yapılmadı” diye yanıt verdi.