Emekli Korgeneral Tokat, Şemdinli'de meydana gelen olaylardan sonra bir dergiye yaptığı açıklamada, görevde bulunduğu dönemde,''Mesaj vermek için bir iki kritik noktaya bomba attırdığı'' şeklindeki sözlerinin ardından hakkında açılan davanın ilk duruşması Genelkurmay Askeri Mahkemesinde yapıldı. Duruşmaya, Tokat'ın avukatı Cavit Çalış katılırken, Altay Tokat, 15 gün istirahatli olduğunu gösteren rapor göndererek katılmadı. Avukat Çalış, 353 sayılı Askeri Mahkemelerin Kuruluşu ve Yargılama Usulu Kanunu'nda değişiklik öngören 5530 sayılı Kanunu'nun 5 Temmuz 2006 tarihli Resmi Gazete'de yayımlandığını, kanunun 5 Ekim 2006'da yürürlüğe gireceğini anımsattı. Bu kanunun savaş hali dışında sivil kişilerin işlediği suçlardan adli mahkemelerde yargılanmasını öngördüğünü ifade eden Çalış, ''Müvekkilim bu açıklamaları asker kişi olarak değil, sivil kişi olarak söylemiştir. Duruşma 5 Ekimden sonraya ertelenmeli ve dosya yetkili mahkemeye gönderilmelidir'' dedi. Genelkurmay Askeri Mahkemesi, duruşmayı 30 Ekim 2006' ya erteledi. Genelkurmay Askeri Savcılığınca, Tokat hakkında ACK'nın 95. maddesinde düzenlenen ''Komutanlara karşı güven hissini yok etmeye çalışmak ve yetkisi olmadan açıklamalarda bulunmak'' suçundan dava açılmıştı.