Ergenekon davasının tutuksuz sanıklarından emekli Albay Arif Doğan, geçtiğimiz günlerde savcılara verdiği ifadede JİTEM'in arşivlerinin bir kişide olduğunu ancak ismini veremeyeceğini savunmuştu. Ancak emekli askerler Doğan'ı yalanlıyor. Emekli Jandarma Binbaşı Kemal Şahin, "Doğan, JİTEM'in üzerini örtüyor. Arşivler Genelkurmay'da." derken, emekli Binbaşı Mustafa Hacımustafaoğulları "Doğan, bilinçli olarak hedef saptırıyor." ifadelerini kullanıyor. JİTEM kurucularından Ergenekon davasının tutuksuz sanığı emekli Albay Arif Doğan'ın savcılıktaki sorgusunda JİTEM ile ilgili ifadeleri akıllarda soru işaretleri bıraktı. Doğan, JİTEM'in arşivlerinin, birimde çalışan bir personelde olduğunu iddia etmişti. Ancak sözünü ettiği görevlinin ismini, can güvenliğini gerekçe göstererek vermedi. Türk Silahlı Kuvvetleri'nde (TSK) başta istihbarat olmak üzere farklı birimlerde uzun yıllar görev yapan emekli subaylar, Doğan'ın muhtemel bir JİTEM soruşturmasını sabote etmeye yönelik açıklamalar yapmakla suçladı. Doğan'ın JİTEM ile ilgili açıklamalarının gerçeği yansıtmadığını vurgulayan askerler, Jandarma Genel Komutanlığı'nın bünyesinde faaliyette bulunan JİTEM'in yazışma ve arşivlerinin Genelkurmay ile Jandarma Genel Komutanlığı'nda bulunduğunu ifade etti. Orduda bir birimin arşivlerinin, o birimin bağlı bulunduğu komutanlıkta bulunduğunu anlatan komutanlar, Doğan'ın savcılıktaki ifadesinde JİTEM ile ilgili hedef saptırma olabileceğine dikkat çekti. Emekli Jandarma Binbaşı Kemal Şahin, uzun yıllar istihbarat biriminde çalıştığını belirterek, Doğan gibi istihbaratçıların söylem ve davranışlarını yorumlamanın çok zor olacağını söylüyor. "Doğan bir taraftan JİTEM gerçeğini teyit ederken diğer taraftan da JİTEM ile ilgili bazı gerçeklerin üstünü kapatıyor." diyen Şahin, JİTEM arşivlerinin JGK ile Genelkurmay'da bulunduğunu ifade etti. Birimlerin bağlı bulundukları komutanlıklarda arşiv ve belgelerinin mevcut olduğunu anlatan Şahin, "Yıllar süren tecrübelerime dayanarak söylüyorum. Doğan'ın açıklamalarında hedef saptırma, yönlendirme ve dikkatleri dağıtmak gibi bir amaç söz konusu." şeklinde konuştu. Emekli Binbaşı Mustafa Hacımustafaoğulları da JİTEM'e yönelik ileride yürütülecek muhtemel derin bir soruşturmaya karşı Doğan'ın şimdiden hedef saptırmaya çalıştığını düşünüyor. Doğan'ın ifadesinde bir taraftan JİTEM gibi karanlık bir yapıyı deşifre ederken diğer taraftan ise kamuoyunu yanılttığını söylüyor: "Doğan açıkça gerçekleri sabote ediyor. Bazı bilgileri bilerek saptırıyor. Hedef şaşırtıyor. JİTEM ile ilgili bilgi ve belgeler bağlı bulunduğu komutanlık ve Genelkurmay'ın arşivlerinde mevcuttur. TSK'da her şeyin kaydı tutulur. Askeriyede belgesiz iş olmaz." Emekli Albay Durmuş Türemen ise TSK'da yapılan bütün işlemlerin kayıt altına alındığını belirterek, bir birliğin bağlı bulunduğu komutanlıkta o birimin yapısı ve yazışmalarıyla ilgili arşivlerinin mevcut olduğunu söylüyor. Söz konusu belgelerin numaralandırılmış ve prosedürüne uygun bir şekilde muhafaza edildiğini belirten Türemen, çok gizli bilgilerin ise o birimin kozmik odalarında saklandığını belirtiyor: "Bunları binanın dışına çıkarmayı bırakın, odanın dahi dışına çıkaramazsınız. Büyük bir birimin kayıtları bir kişide olmaz. Bir birimin arşivleri onun bağlı bulunduğu komutanlıkta vardır."