Böylece 17 sanıkla ilgili yazışmalar, ifade tutanakları, arama kararları alenileşmiş oldu. Avukatlara verilen ek delil klasörlerinde Ergenekon soruşturması kapsamında ortaya çıkan çok önemli iddialara cevaplar yer alıyor. Bunlardan en önemlisi, denizden çıkan mühimmatlarla ilgili. Asker şüphelilerin, Ergenekon soruşturmasını yürüten savcılardan sakladıkları gerçekleri, askeri savcıya anlattığı ortaya çıktı. Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Askeri Savcılığı'na ifade veren SAT 4'üncü görev birim komutanı olarak görevli Kd. Yüzbaşı Özgür Kaya, Kuzey Deniz Saha Komutanlığı askeri savcılıkta, Ergenekon operasyonlarında emniyet güçlerinden kaçırdıkları cephaneliği denize attıklarını kabul etti. Kaya, Poyrazköy cephaneliği davası sanığı Deniz Yarbay Ercan Kireçtepe'nin ofisindeki baksta yer alan 700 mermiyi aldığını, Midilli Adası'nın 100 mil açığında Ege Denizi'ne attığını anlattı. Poyrazköy davası sanığı Albay Ali Türkşen de 1 Haziran 2009'da Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Askeri Savcılığı'nda verdiği 6 sayfalık ifadede, bazı askeri görevlilerin Kireçtepe'deki mermi ve sis kutularını kastederek, "Bu malzemeyi denize mi atalım, ne yapalım?" diye sorduklarını söyledi. Ancak beklemelerini söylemesine rağmen daha sonra kendisine, "Albayım o malzeme okyanusa atılmış" şeklinde bilgi verildiğini kaydetti. Poyrazköy cephaneliği kazılarının başlamasından bir gün sonra 22 Nisan 2009'da asker arkadaşlarıyla konuşurken kendisinin yüksek sesle, "Kim bu hainliği yapmış ise umarım bir an önce tespit edilir. Böyle güzide bir birliğin ismini lekelemeye kimin hakkı var? İnşallah suçlular bir an önce bulunur. İnşallah inşallah..." dedikçe, odada bulunan Deniz Binbaşı Erme Onat'ın; "İnşallah demeyin Ali albayım, inşallah demeyin. Kim gömdüyse gömmüştür, bulunmasın deyin." diye konuştuğunu kaydetti. Türkşen, o sırada Onat'ın niye böyle konuştuğunu anlamadığını savundu. Deniz Yüzbaşı Özgür Kaya gibi deniz yarbaylar Oktay Erdem, Kürşat Tunçay, Deniz Binbaşı Cihangir Yılmaz ve Poyrazköy cephaneliği davası sanığı Albay Ali Türkşen de askeri savcılık ifadelerinde cephaneliğin denize atılması olayını doğruladı. "Suç delillerini yok etmek, askeri eşyayı tahrip etmek ve ruhsatsız silah bulundurmak" suçlarından tutuklanan Deniz Yüzbaşı Özgür Kaya, Cihangir Yılmaz ve Oktay Erdem'le Kireçtepe'nin malzemelerini denize atma konusunu kararlaştırdıklarını ve daha sonra bunları Ege Denizi'ndeki PHONEX tatbikatında gemiyle denize atmak için kendisinin önce araba ile Gölcük'e götürdüğünü, oradan da gemiyle götürdüğü Ege'de denize attığını itiraf etti. Özgür Kaya, 2 Haziran'da verdiği ifadede, bu bilgileri teyit etti. Kaya, "Hakkında soruşturma yürütülen Ercan Kireçtepe'nin SAT Grup Komutanlığı'nda koridorda bulunan ve baks adını verdiğimiz kutuların içindeki söz konusu yaklaşık 700 adet 9 mm ve 5.56 mm çaplı tabanca ve tüfek mermilerini ve fılayir denilen işaret şeyini aldım, bunlardan mermileri yine ifademde verdiğim şekilde Ege Denizi'nde yapılan tatbikata katıldığımız TCG Gökova gemisiyle Girit Adası'nın 100 mil kadar kuzeyinde denize attım." dedi. Ancak 10 Haziran 2009'da askeri savcılıkta kafasında kurduğu senaryo gereği yalan ifade verdiğini iddia etti. Askeri savcılıkta soruşturulan Deniz Binbaşı Cihangir Yılmaz ise Yüzbaşı Kaya'nın elinde kahverengi çanta ile geldiğini ve, "Bu çanta Ercan Kireçtepe'ye ait. İçinde mermi var. Allah kahretsin, bunu ne yapacağız bilemiyorum. Şimdilik bir yere koyalım." dediğini anlattı. Kendisinin ise bir şey söylemediğini ve beraber tavan arasına sakladıklarını dile getirdi. Şüpheli olarak ifade veren Oktay Erdem de, Kireçtepe'nin mühimmatını tarttıklarını ve 46 kilo olduğunu tespit ettiklerini kaydetti.