Ergenekon soruşturma ve davası kapsamında yıllardır Genelkurmay açısından çok dikkat çekici bir durum yaşanıyor. Mahkeme ya da savcılık, araştırma yaptığı konuda belge ya da bilgi istediğinde, 'TSK arşiv yönergesine göre imha edildi.' cevabı veriliyor. En son 'İrtica ile Mücadele Eylem Planı ve internet andıcı' davalarındaki hukuki boyutu tartışmalı belge imha konusu, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin Ocak-Mayıs 2004 yıllarında jandarma bölge komutanlıkları bünyesinde yapılan seminerleri öğrenmek istemesiyle bir kez daha gündeme geldi. İstanbul, Ankara, Tokat ve Kayseri'nin içinde bulunduğu 12 jandarma bölge komutanlıkları seminer bilgilerinin arşivlerinde bulunmadığını bildirdi. Ankara Jandarma Komutanlığı evrakların 5 yıl sonunda imha edildiğini ifade ederken, Kayseri Jandarma Komutanlığı'nın ise TSK Arşiv Yönergesi'ne göre her yılın sonunda imha işleminin gerçekleştiğini açıklaması çelişki oluşturdu. Daha önce Ergenekon kapsamında Şener Eruygur'un başında olduğu Cumhuriyet Çalışma Grubu faaliyetleriyle ilgili yapılan harcamalar ve örtülü ödenek giderlerine ilişkin de evrakların imha edilmesi gerekçe gösterilerek belge sunulmamıştı. Bu gelişmeler, TSK'nın arşiv yapısının tartışmalı boyutunu gözler önüne seriyor. Hemen her soruşturmada 'imha ettik' gerekçesiyle hukuka teslim edilmeyen belgeler ile ilgili birçok örnek yer alıyor. Örneğin İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 2. Ergenekon davası kapsamında 5 Mayıs 2011'de aldığı kararla Ocak 2004-Mayıs 2004 tarihleri arasında jandarma bölge komutanlıklarından seminer kayıtlarını sordu. Komutanlıklara gönderilen yazıda, bu tarihler arasında, "herhangi bir seminer düzenlenip düzenlenmediği (özellikle 10-11 Mayıs 2004 tarihlerinde), düzenlenmiş ise ne amaçla düzenlendiği ve kimlerin katıldığı, seminer sonunda herhangi bir raporun tanzim edilip edilmediği, edilmiş ise buna ilişkin belgelerin asıllarının veya onaylı suretlerinin gönderilmesi" talep edildi. İstanbul Jandarma Bölge Komutanlığı, 10 Şubat 2004'te 'Yıkıcı, bölücü ve irticai faaliyetlerle mücadele' ve 2 Nisan 2004'te 'Çevrenin korunması ve çevre kirliliği' konulu seminer yapıldığını bildirdi. İrtica seminerine dair fiziki aramalarda belge bulunamadığı, ayrıca imha tutanağı da olmadığı belirtilirken, çevre seminerine ilişkin belgelerin imha edildiği kaydedildi. Batman Jandarma Genel Komutanlığı, seminer yapıldığına dair bilgi ve belge bulunmadığı ancak evrak sayısı almakta kullanılan program kütüğünde Mart ve Nisan 2004'te beş adet seminer ve seminer sonucu yazan belge bulunduğu ifade edildi. Adana Jandarma Bölge Komutanlığı ise arşivde belge olmadığı ancak JETAP (Jandarma Evrak Takip Programı - sadece gelen ve giden evraklara kayıt numarası verilmesinde tutuluyor) sisteminde 10.2.2004'te Jandarma Komutanlığı tarafından 'Yıkıcı, bölücü ve irticai faaliyetlerle mücadele' konulu seminer emri gönderildiğinin tespit edildiğini bildirdi. Adana Jandarma Bölge Komutanlığı'nca aynı konulu seminer emrinin 15 Mart 2004'te Adana, Hatay, Gaziantep, Kilis, Adıyaman, Kahramanmaraş, Mersin, Osmaniye Jandarma komutanlıklarına gönderildiği, ancak 22 Mart 2004'te bunun ertelendiğinin bildirilmiş olduğu anlatıldı. 28 Nisan 2004'te Adana Jandarma Bölge Komutanlığı'nca 'Yıkıcı, bölücü ve irticai faaliyetler semineri' konulu emrin ve katılan personel listesinin komutanlık birimlerine gönderildiği aktarıldı. Öte yandan 18 Mayıs 2004'te irtica semineri evrakının da Jandarma Genel Komutanlığı'na gönderildiğinin tespit edildiği, ancak JETAP'ta bu evrakların sadece başlıklarının kayıtlı olduğu bildirildi. Erzurum Jandarma Bölge Komutanlığı ise 26-27 Ocak 2004'te personeli ve ailelerini bilgilendirmek ve bilinçlendirmek ve bu suretle mücadele yöntemleri üzerine eğitmek maksadıyla, emirle 'İrticai faaliyetler ve terör örgütleriyle mücadele' semineri yapıldığı ancak seminere kimlerin katıldığına ve sonuç raporuna ulaşılamadığı aktarıldı. Giresun Jandarma Bölge Komutanlığı da 36 seminer yapıldığı ancak imha edilmiş olabileceği için belgelerine ulaşılamadığını bildirdi. Bursa, Diyarbakır, Aydın, Tokat, Tunceli, Kayseri, Konya ve Ankara jandarma bölge komutanlıkları da arşivlerinde belge olmadığını açıkladı. Kayseri Jandarma Komutanlığı'nca TSK Arşiv Yönergesi'ne göre, seminer evrakları A kategorisine alınıp, bir sonraki yıla ait eğitim direktifinin gelmesini müteakip imha edildiği bildirilirken, Ankara Jandarma Bölge Komutanlığı tarafından ise arşiv saklama süresinin 5 yıl olması sebebiyle imha edildiği aktarıldı.