Trabzon İdare Mahkemesi, Ayasofya Müzesi'nin camiye çevrilmesi ve ibadete açılmasına ilişkin işlemin iptali için açılan davayı, "Müzenin camiye çevrilmesine ilişkin tesis edilen bir işlemin mevcut bulunmadığı anlaşılmaktadır" gerekçesi ile reddetti. 

Ayasofya Kilisesi, Fatih Sultan Mehmet'in 1461'de Trabzon'u fethinin ardından camiye dönüştürülmüş, restorasyon çalışmasının ardından 1961'de müze olarak hizmet vermeye başlamıştı. Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün geçtiğimiz yıllarda yapının Fatih Sultan Mehmet Vakfı'na ait olduğu gerekçesiyle açtığı dava, 2012 yılında sonuçlandı ve Ayasofya Müzesi geçen yıl Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne devredildi. Bu devrin ardından Ayasofya Camisi olarak kayıtlara geçen yapı, çeşitli işlemlerin ardından ibadete hazır hale getirildi. Fresklerin asma tavan ve özel perdelerle kapatıldığı Ayasofya'da geçen 28 Haziran'da ilk kez namaz kılındı, Temmuz ayı başında da ilk Cuma namazıyla resmen ibadete açıldı. Diyanet İşleri'nin de imam da görevlendirdiği Ayasofya'da namaz saatleri dışında turistler belirli bölümlerden tavan fresklerini görme şansı elde edebiliyor. 

 Mimarlar Odası Trabzon Şubesi, Trabzon Sanat Evi Derneği, Ayasofyalılar Güzelleştirme, Koruma ve Yardımlaşma Derneği, Trabzon İli ve İlçeleri Eğitim, Kültür ve Sosyal Yardımlaşma Vakfı ile Fethi Yılmaz ve Zeki Batar, 25 Haziran 2013'te Trabzon Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Müdürlüğü'ne başvurdu. Başvuru dilekçesinde, Ayasofya Kilisesi'nin müze olarak kullanımı kararında herhangi bir değişiklik olup- olmadığı, yapıdaki inşa ve fiziki müdahaleler için izin alınıp alınmadığı sorularak, eğer söz konusu işlemler yapılmışsa bunları gerçekleştirenler hakkında suç duyurusunda bulunulması istendi. 

Trabzon Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Müdürlüğü ise, Vakıflar Genel Müdürlüğü lehine Ayasofya'nın Fatih Sultan Mehmet Vakfı'na devredilmesiyle ilgili Trabzon 1'inci Asliye Hukuk Mahkemesi kararının mevcut olduğunu hatırlattığı cevabi yazısında, yapıda kalıcı bir değişiklik yapılmadığını, tefrişat işlemlerinin kurul izni gerekmediğini, esere yapısal bir müdahalenin söz konusu olmadığını belirterek, mahkeme kararı üzerine mülkiyet hakkından doğan işlemlerin düzenlenmesi için bir takım tefrişat çalışmaları yapıldığını vurguladı. 

Mimarlar Odası Trabzon Şubesi ve diğer davacılar, Trabzon İdare Mahkemesi'ne başvurarak, Ayasofya Müzesi'nin camiye çevrilmesi ve ibadete açılmasına ilişkin işlemin iptalini istedi. Trabzon İdare Mahkemesi, 20 Eylül'de davayı karara bağladı. Karar metninde, "Trabzon Ayasofya Müzesi'nin camiye çevrilmesine ilişkin tesis edilen bir işlemin mevcut bulunmadığı anlaşılmakta, kesin ve yürütülmesi zorunlu bir işlem bulunmadığından davanın reddi sonuç ve kanaatine ulaşılmıştır. Açıklanan nedenle davanın incelenmeksizin reddine" ifadesi kullanıldı. Davayla ilgili son kararı Danıştay verecek.