Çarkın'ın iddialarıyla ilgili soruşturma başlatıldı. Kazlıceşme'de 20 Mart'ta gerçekleştirilen Nevruz kutlamalarına katılımıyla dikkat çeken Çarkın, daha sonra basına verdiği açıklamalarda terörle mücadele adı altında bir çok cinayete katıldığını ifade etmişti. Bu ifadeleri üzrine savcı Hakan Karaali inceleme başlatmıştı. Bir grup avukat da 62 kişinin öldürülmesi olayıyla ilgili Çarkın ve eski İçişleri Bakanı Mehmet Ağar'ın da aralarında bulunduğu 138 kişi hakkında suç duyurusunda bulunmuştu. Savcı Karaali, incelemelerinin ardından Çarkın'ın açıklamalarıyla ilgili soruşturma başlattı. Çarkın da savcının talimatıyla şüpheli olarak gözaltına alındı. Son günlerde basında yer alan açıklamalarında birçok insana işkence yaptıklarını söyleyen Çarkın, JİTEM'in de birçok katliama imza attığını belirtmişti. Vicdan azabı çektiği için şimdi gerçekleri açıkladığını ifade eden Çarkın, "Ergenekon bizim hepimizin çıkış noktası. Bizim çıkış noktamızdır. Ergenekon'dan şu anda kimse içeride değil. Hepsi dışarıda. Veli Küçük'ün Dağlık Karabağ'la da alakası var. Orada da bir Ergenekon var." demişti. Çarkın, Mehmet Ağar ve İbrahim Şahin gibi isimlerin de dinlenmesi gerektiğini de belirmişti.