Adalet Bakanlığı, Mustafa Balbay'ın tek kişilik odada kalmasına güvenlik gerekçesiyle karar verildiğini, oda değişikliği ve birlikte kalmayı talep eden kişiler için karşılıklı dilekçe alındığını ve taleplerin Kurum İdare Gözlem Kurulu'nda değerlendirildikten sonra karara bağlandığını açıkladı. Adalet Bakanlığı, Mustafa Balbay'ın "Cumhuriyet Gazetesi'ne bomba atanlarla aynı hücreye konulmak istendiğine" ilişkin iddiaları üzerine yazılı açıklama yaptı. Açıklamada, Silivri 1 Nolu L Tipi Cezaevi'nde bulunan Gazeteci Mustafa Balbay'a kayıt işlemleri sırasında, kendisiyle birlikte kuruma kabul işlemleri yapılan 52 tutuklunun isimlerinin okunarak, birlikte kalmak istediği tutuklu olup olmadığının sorulduğu belirtildi. Balbay'ın 3 Mart 2011 tarihli dilekçesinde "Can güvenliğim nedeniyle Tuncay Özkan dışında kimseyle kalmak istemiyorum" talebini ilettiği bildirilen açıklamada, Balbay'ın talebinin Kurum İdare Kurulu'nda değerlendirmeye alınarak, tek kişilik odada kalmasına karar verildiği aktarıldı. Açıklamada, Balbay'ın Cumhuriyet gazetesine bomba atılması olayıyla ilgili olarak yargılanan sanıkla aynı odaya verilmek istendiği iddiası da yalanlandı.