Balyoz davası dosyası, Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderildi. Davaya bakan İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi, 21 Eylül 2012 tarihinde davayı karara bağlamış, 7 Ocak 2013'te de gerekçeli kararını açıklamıştı. 

Balyoz davası kararı temyiz için Yargıtay'a gönderildi. Adliyeye ait sivil bir araç ile gönderilen 1045 klasör dosya İstanbul TEM şubesi polisleri eşliğinde götürüldü. 

Balyoz davasında 21 ay süren yargılama sonunda 365 sanıktan 324'ü hakkında 'darbeye eksik teşebbüs' suçlamasıyla 13 yıl 4 aydan 20 yıla kadar değişen hapis cezaları verildi. Sanık Hakan Büyük ise hakkında ise gizli belgeleri saklamak suçundan 6 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Firari iki sanık ile ifadesi alınamayan Levent Ensöz hakkındaki dava dosyasının ayrılmasına, yargılama sürecinde ölen sanık Ali Tarık Akça hakkındaki dava dosyasının düşürülmesine karar verildi. 36 sanık ise beraat etti. 

Çetin Doğan, Özden Örnek ve Halil İbrahim Fırtına, 20 yıl hapis cezasına çarptırıldı. 

MHP'den milletvekili seçilen Engin Alan, Ergin Saygun, Şükrü Sarıışık, Ramazan Cem Gürdeniz, Nejat Bek, Süha Tanyeri, İhsan Balabanlı, Kadir Sağdıç, Özer Karabulut, Ahmet Feyyaz Öğütçü'nün de aralarında bulunduğu 78 sanık hakkında 'darbeye eksik teşebbüs' suçlamasıyla 18'er yıl hapis cezası verildi.

Dursun Çiçek, Ali Türkşen, Tevfik Özkılıç ve Ahmet Zeki Üçok'un da aralarında bulunduğu 214 sanık aynı suçlamayla 16 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Bir sanığa 15 yıl hapis verildi.

 

Ahmet Şentürk, Emin Hakan Özbek, Tülay Delibaş, Levent Kerim Uca ve Ömer Faruk Ağa Yarman'n da aralarında bulunduğu 28 sanığa ise 13 yıl 4 ay hapis cezası verilmesi kararlaştırıldı.