Asrın soruşturmasının en önemli ayaklardan biri de iddia edilen Ergenekon Terör Örgütünün, diğer terör örgütleriyle ilişkisinin deşifre edilmesiydi. PKK da Ergenekon'un el attığı örgütlerin başındaydı. Öyle ki Ergenekon sanığı Veli Küçük ve Ümit Oğuztan'dan ele geçen "Panzehir" isimli döküman bunu açıkça gösteriyordu. Bu belgede PKK'nın tamamen tasfiye edilmek yerine Öcalan ile işbirliği yapılarak kontrol altında tutulması gerektiği anlatılıyordu. Nitekim bugün Ergenekon sanığı olan bazı isimlerin sözde PKK yöneticileriyle sıkı ilişki içinde olduğu gün yüzüne çıktı. İddialara göre, PKK terör örgütünün KCK yapılanması, Ergenekon'un PKK'yı ele geçirme operasyonuydu. ARAMALAR KCK'YI RAHATSIZ ETTİ Asrın Soruşturmasıyla, iddia edilen ETÖ ve Terör Örgütü PKK arasındaki bağlantı tamamen gün yüzüne çıkarılmaya uğraşılırken çok ilginç bir gelişme daha yaşandı. KCK'nın sözde Yürütme Konseyi Üyesi Cemil Bayık, Seferberlik Tetkik Kurulu'ndaki aramalardan rahatsız oldu. Bir çok üyesi Özel Harpçi olan Ergenekon da duruşma sırasında Seferberlik Tetkik Kurulu'nda yapılan aramaları protesto etmişti. KCK'lı terörist Bayık'ın Ergenekon'la yine benzer açıklamalar yapması dikkatlerden kaçmadı. BAYIK'IN SIR ODA TEDİRGİNLİĞİ Cemil Bayık gerekçe olarak, bu aramalardan Kürt sorununun çözümüne yol açacak belgelerin ortaya çıkarılamayacağını gösteriyordu. Ancak Bayık'ın ifadeleri farklı yorumlara sebep oldu. Bayık'ın bu çıkışı "Özel Harp dairesinde nelerin olup nelerin olmadığını nereden biliyor? sorusuyla bu tedirginliklerin sebebi ne? sorusunu akla getirdi.