8 yıl görev yaptığı Malatya'da askerlerle sıkı ilişki kuran Hilmioğlu'nun öğrencilere ve akademisyenlere yönelik yaptırdığı fişlemeleri, Ergenekon sanıklarından Mustafa Levent Göktaş'ta ele geçen 51 No'lu DVD'de yer aldığı ortaya çıktı. Yargı mensuplarına ilişkin fişlemelerin de bulunduğu 51 No'lu DVD'de 'Dinci kamu personeli son' isimli belgede Malatya Üniversitesi'nde çalışan 112 kişinin makamları, görevleri, siyasî ve dinî görüşleri ile ilgili liste bulunduğu iddianamede yer aldı. Göktaş'ın, Poyrazköy'de ele geçirilen patlayıcı maddelerle ilgili tutuklanan hücrenin başında olduğu iddia ediliyor. 7 Eylül 2009'da İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılanmasına başlanacak olan tutuklu sanıklardan Fatih Hilmioğlu'nun Malatya'da yaptığı fişleme faaliyetleri delilleri ile üçüncü Ergenekon iddianamesinde yer aldı. Üniversite görevlileri de şahit oldukları fişleme faaliyetlerini ayrıntılı olarak anlattı. İddianamede, Hilmioğlu'nun Ankara'daki evinde yapılan aramada 476 No'lu CD'de, "2005-2006 Marjinal Öğrenci Grupları" isimli klasör içerisinde, "Cemaatle bağlantılı öğrenciler, ESP-MLK-P, DHKP-C sempatizanı olan öğrenciler, Hizbullah üyesi öğrenciler, PKK sempatizanı olan öğrenciler, ülkücü öğrenciler" şeklinde bilgiler tespit edildi. Öğrencilerin adları, soyadları, açık kimlikleri, ÖSYM numaraları, bağlı bulundukları bölümleri belirtilerek, fotoğraflarıyla birlikte adresleri, arkadaşlarıyla olan bağlantılarının da fişleme bilgileri olarak yer aldığı bildirildi. DÜZENLİ OLARAK JANDARMAYA BRİFİNG Fişlemeler savcılar tarafından sorulduğunda, Hilmioğlu, fişlemelerin rektör olduğu dönemde üniversiteye bağlı olarak çalışan personel tarafından hazırlandığını savundu. Sık sık değişen güvenlik personelini üniversitede huzuru bozabilecek öğrencilerle ilgili bilgilendirmek amacıyla bu dokümanın hazırlandığını düşündüğünü ifade eden Hilmioğlu, bu güvenlikçilerin ismini hatırlamadığını, bu bilgileri herhangi bir yerde kullanmadığını iddia etti. Hilmioğlu, bu CD'nin üniversitenin jandarma bölgesi olduğundan dolayı jandarmaya da verilmiş olabileceğini aktardı. İnönü Üniversitesi Genel Sekreter Yardımcısı Tanık Mehmet Özcan ise tanık olarak verdiği ifadesinde, Hilmioğlu'nun, söz konusu fişlemeleri, 1995-2000 yılları arasında Malatya İl Jandarma Komutanlığı'nda görevli Bestami isimli binbaşı ve Cengiz Astsubay'la birlikte hazırladığını anlattı. 2000 yılında Hilmioğlu'nun rektör olmasından sonra 2005 yılına kadar 86 kişilik listenin sürekli olarak jandarmadan rektörlüğe bildirildiğini gördüğünü aktardı.