Balıkesir Üniversitesi (BAÜ) Rektörlüğü için 10 Ekim 2006 tarihinde yapılan seçimlerde 8 aday yarışmış, tek bayan aday olan Prof. Dr. Bedriye Tunçsiper, 78 oyla sandıktan birinci olarak çıkmıştı. Cumhurbaşkanı Sezer, üniversitedeki seçimlerde birinci olan ve YÖK'ün kendine ilk sırada sunduğu Prof. Dr. Bedriye Tunçsiper'i rektörlüğe atamadı. Aldıkları oylara göre sıralanan ilk 6 aday YÖK tarafından değerlendirildikten sonra aday sayısı 3'e indirilirken, Bedriye Tunçsiper, Cumhurbaşkanlığı'na sunulan listede de yine ilk sırada yer almıştı. Yaklaşık 1 ay süren Çankaya Köşkü'ndeki değerlendirme sonucu Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer, YÖK'ün oybirliği ile üzerinde uzlaşı sağladığı kaydedilen Prof. Dr. Bedriye Tunçsiper'in yerine 69 oyla ikinci sırada yer alan Prof. Dr. Şerif Saylan'ı BAÜ rektörü olarak atadı. Karara ilk tepki Prof. Dr. Bedriye Tunçsiper ve eşinden geldi. Bedriye Tunçsiper, yeni kurulan üniversiteden çıkar sağlamak isteyen bazı grupların bulunduğunu iddia etti. "Cumhurbaşkanımız aldatılmış, kandırılmıştır. Bir Cumhuriyet kadını olarak hakkımın gasp edildiğini düşünüyorum. Vicdanen huzurluyum, kimseye diyet borcum yoktu." dedi. Cumhuriyet kutlamalarının yapıldığı gün valilik binasında, CHP İl Başkanı Münir Balkanlı ile karşılaştıklarını belirten Cenk Tunçsiper ise eşinin CHP İl Merkezi'ne davet edildiğini, sebebini sorduklarında Balkanlı'nın eşine "Bize projelerinizi anlatın, size üniversitedeki CHP'li öğretim üyelerini davet edeceğiz. Eğer onlarla aranızda bir mutabakat olursa bir protokol imzalarız, bu protokol neticesinde de bir siyasi parti olarak belki sizi destekleyebiliriz." dediğini ileri sürdü. Eşinin buna karşılık olarak, "Üniversitenin sorunu üniversitede çözülür, ben böyle bir şeyi kabul edemiyorum." dediğini ve bu buluşmanın gerçekleşmediğini savunan Tunçsiper, olaya bürokratların şahit olduğunu ifade etti. Tunçsiper, bir siyasi partinin üniversiteye rektör atamasında etkili olabileceği ihtimalinin de kendisine yanlış geldiğini belirtti. 'www.haberakademi.com' internet sitesinde yer alan habere göre; Bedriye Tunçsiper, bazı çıkar gruplarının kendisiyle anlaşma yapmak istediklerini öne sürdü. Hiçbir kimseyle, hiçbir siyasi partiyle pazarlığa oturmadığının altını çizen Tunçsiper, "Randevu vermedim, görüşmedim. Onların binalarına gitmedim." diye konuştu. "Bana göre demokrasi darbe yemiştir." diye devam eden Tunçsiper, "Sayın Cumhurbaşkanımız'ın çıkar gruplarının, menfaat çetelerinin etkisiyle yanlış bilgilendirildiği düşüncesindeyim." ifadelerini kullandı. Bir siyasi partinin merkez yürütme kurulu üyesi olan Cenk Tunçsiper ise işe siyasi kimliğini karıştırmadığını ifade ederek, eşinin rektör adaylığıyla ilgili yaşanan sürecin ibretlik olduğunu söyledi. "Anamuhalefet partisinin referansı olmayan rektörlüğe atanmadı' gibi söylemler duyuyoruz." diyen Tunçsiper, "Eğer doğruysa o makamda oturan kişiyi tercihinden dolayı kınıyorum." dedi.