Gazetenin ele geçirilmesi planı, 'Ulusal Medya 2001' isimli dokümanda ayrıntılarıyla anlatılıyor. Dokümanda yurtiçi ve dışından seçilecek Türk işadamlarının katılımıyla Medya-Finans Konseyi'nin oluşturulması gerektiği vurgulanıyor. Ayrıca Cumhuriyet'in 'ulusal medyanın merkez üssü' olması kararlaştırılıyor. 'Cumhuriyet Gazetesi Reorganizasyon Çalışması' başlığı altında ise gazetenin ele geçirilmesiyle ilgili Gürbüz Çapan'la yapılan görüşmeler açıklanıyor. İddianamede Cumhuriyet'in yeniden organizasyonu şöyle anlatılıyor: "Gürbüz Çapan'ın, Cumhuriyet Gazetesi'nin 'ulusal medyanın merkez üssü' olarak seçilmesini kabul ettiği ve hisselerini parasız olarak devrettiği, yapılan çalışma sonucunda gazetenin yüzde 10'unun İlhan Selçuk'a ait olduğu, yüzde 10'unun halka açılım hissesi olduğu, yüzde 80 ya da yüzde 90 hissenin en az yüzde 51'inin örgütün aidiyetine geçmesinin kararlaştırıldığı belirtilmiştir." İddianamede geçen bir başka plan ise Cumhuriyet Gazetesi'ni kışlalara sokma çalışması. 23 Aralık 2003 tarihinde Mustafa Balbay, Levent Ersöz ve Hasan Atilla Uğur arasında yapılan görüşmede bu konu gündeme geliyor. Konuyu açan ise Jandarma İstihbarat Komutanı Levent Ersöz: "Siz tirajınızı artırmak açısından, bizim askerî birliklerdeki askerî personele yönelik böyle bir şeyi nasıl uygun görürsünüz?" Teklife Hasan Atilla Uğur, "Çok doğru komutanım. Erler eskisi gibi cahil değil, sekiz aylık var, asteğmen var. Bunu söylemek lazım Genelkurmay başkanımıza." diyerek destek veriyor. 'Kışlada bin gazete satarım' Levent Ersöz'ün, "Ben kantinde herkese satarsam bu gazeteyi mükemmel olacak, sonuç itibarıyla günde 1.000 gazete satabilirim." demesi üzerine Mustafa Balbay şu teklifi sunuyor: "Biz mesela üniversitelerde 250.000 TL'ye gazete satıyoruz. Kışlaya da 250.000 yaparız. Kimi yerlerde önyargı olabilir, kimi yerlerde sokmuyorlar bile. Mesela GATA'da 250.000'den satabiliriz."