Ergenekon'un, Şengör'ü Yükseköğretim Kurulu'na üye yaptırmak için özel çaba harcadığı belirlendi. Üniversitelerarası Kurul, ocak ayında Celal Şengör'ü YÖK'e üye seçmiş; ancak hakkında soruşturma açıldığı için üyeliği askıya alınmıştı. İddianamede, Ergenekon'un üniversite yapılanmasını yürüttüğü ileri sürülen eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Kemal Alemdaroğlu'nun yaptığı telefon görüşmelerine yer veriliyor. Alemdaroğlu, eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz, İnönü Üniversitesi Rektörü Fatih Hilmioğlu ve eski Trakya Üniversitesi Rektörü Osman İnci ile irtibata geçerek Celal Şengör'ün YÖK üyesi yapılmasını istiyor. Hilmioğlu, seçim için 30 rektörü ayarladığını ifade ediyor. Alemdaroğlu'nun görevden ayrılmasına rağmen üniversite yapılanmasındaki faaliyetlerini sürdürdüğüne dair delillerden biri de eski YÖK Başkanı ile yaptığı görüşme. İddianamede yer alan konuşma, Üniversitelerarası Kurul'da Şengör için yapılan seçimden sonra gerçekleşiyor. Gürüz, "Kemal'ciğim duydun mu haberleri, Cerip seçilmiş. Bütün Tosun efendi buraya gelip çadır kurmasına rağmen 83'e 54 oldu; ama 54 tane köpek çıkmış oradan. Bunlar Ortadoğu'dan bir kadını aday gösterdiler. Bana geldi hocam saygılar sevgiler s. lan dedim köpek, sen dedim kimsin lan tanımadığım adamı aday gösteriyorsun. Utanmaz herif ya rektör müsvettesi yıkıl karşımdan ha ha bir gidişi var idi." ifadelerini kullanıyor. Alemdaroğlu da "İyi demişsin" diyor.