Ergenekon iddianamesinde soruşturması kapsamında gözaltına alındıktan sonra çıkarıldığı mahkemece serbest bırakılan eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Kemal Alemdaroğlu ile eski Genelkurmay Başkanı Org.neral İsmail Hakkı Karadayı arasındaki bir telefon konuşması da yer aldı. 9 Şubat 2008’de Karadayı ile Alemdaroğlu arasında yapılan ve teknik takibe takılan telefon görüşmesinde, 10. Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer yaşanan sürecin sorumlusu olarak gösterilirken, “Demirel olsaydı bunlar olmazdı” deniliyor. İddianameye göre; Karadayı ve Alemdaroğlu arasındaki konuşma şöyle: Karadayı: Akşam ekranda izledik ki gayet hoşuma gitti gayet güzel konuştunuz. Habertürk’te. Ama geç kaldı geç soktular sizi. Halbuki bir sürü şeylerden bahsedeceksiniz siz. Alemdaroğlu: Evet çok bahsedilecek şey var. Bu arada sizin gönderdiğiniz e-maili de hemen orada kullandım. O İranlı heykeltıraşı siz gönderdiniz gibi hatırladım ben. Karadayı: Ha ha tabi tabi tabi. Kitap adamın esas kitabı bütün dünyada var ayrıca. Alemdaroğlu: Fakat ben eğer izledinizse son sözde bugün geri çeksin dedim ama birisi bir güç geri çektirtmeli böyle şey mi olur yani? Karadayı: Evet, aynı fikirdeyiz ama ne yapalım dur bakalım ne olacak?... Bugün Celal Şengör’ün de yazısı var Bilim Teknik’te. Şimdi hanım onu okuyor sizin hakkınızda çok olumlu... Bu günkü Cumhuriyet’in eki. Alemdaroğlu: Gördüm. Sağolsun ama işte yani bütün suçlu Ahmet Necdet Sezer’dir ve bu durumların Türkiye’nin gelmesinin tek müsebbibi odur. Karadayı: Maalesef. Alemdaroğlu: Mesela Demirel olsaydı bunlar asla bu noktaya gelemezdi. Karadayı: Gelmezdi canım yani çok tatsız bi gidiş var. Hayırlısı. Bakalım ne olacak? Alemdaroğlu: Mesut Yılmaz, Demirel’i engelleyen yani böyle birkaç kişinin yüzünden Türkiye bu hallere geldi. Karadayı: Bahçeli. Bahçeli. Sorumlusu iki şubatı icat etti. Ondan sonrası cumhurbaşkanlığı seçiminde ‘Ben hemen Meclis’e girecem’ dedi ya, adam ‘Uzlaşmayla seçeceğiz’ dedi, girecem deyince ‘Ne uzlaşma, ben seçiyorum bunu’ dedi. Ondan sonra bi de anlaşılmıyor bu şeyi anlaşma yaptı ama muazzam bi yakınlık var MHP’ye karşı, korkunç bi nefret var. Alemdaroğlu: Sözüm ona Vakıflar Yasası’na karşı çıkıyor, ‘Lozan’ı deliyolar’ diyor, Lozan’ın ana noktaları laiklik. Onu deliyor şimdi de yani orda göstermelik işler yapıyor. Karadayı: Evet, fakat siz zaman zaman çıkın televizyona. Alemdaroğlu: Efendim, valla komutanım, bende artık komutanım bilemiyorum ben mahkemelerle uğraşırken arada televizyonlara tabii ki davet edildiğim yere hayır demiyorum ama... Karadayı: Hayır demeyin gidin gidin. Çok faydalı oluyor. Onların hepsini geçecek, atlatacaksınız.