Türkiye'de yürütülen Ergenekon operasyonunu değerlendiren Denktaş, kendisini operasyonla ilişkilendiren iddia ve yorumların hatırlatılmasına karşılık şunları kaydetti: "Denktaş'ı da bunun içine koyalım deyince, Ergenekon Denktaş'lı oluyor. Çıkarırsan Denktaş'sız oluyor. İlhan Selçuk'u koydular, İlhan Selçuk'lu oldu. Bu böyle bir şey. Beni dahil etmeye çalışıyorlarmış. Söyledim, boşuna gayret... Biz Türkiye aşığıyız, anavatan için çalıştık. Kıbrıs meselesi de anavatana pahalıya mal olmasın diye, anavatanın söylediği doğrultuda yürütülmüştür. Bunun ötesinde hiçbir şey bulamazlar." Operasyon çerçevesinde tutuklanan emekli askerler Hurşit Tolon ve Şener Eruygur'la tutuklanmalarının ardından herhangi bir teması olmadığını söyleyen Denktaş, "Ama bunlar bizim aziz dostlarımız. Yani Türkiye'nin bütün sivil ve askeri üst kademesiyle yıllardır temas halindeyim. Kıbrıs'a gelip hizmet etmiş olanlarla kardeş gibiyiz. Bunların ötesinde yakıştıracakları bir şey yok" diye konuştu. Atatürk ilkeleri, Kıbrıs sorunu, türban meselesi gibi konularındaki görüşlerini aktarmaya devam ettiğini belirten Denktaş, "Biraz fazla karışıyorum galiba, onun için susturulmam lazımsa icabına bakacaklar" dedi. Denktaş, Kuddusi Okkır'ın ölümünü hatırlatarak, Ergenekon operasyonunda insan hakları açısından düzeltilmesi gereken şeyler olduğunu belirtti. ABD'nin Guantanamo üssüne bütün dünyadan şüphelendiklerini getirerek insan haklarına aykırı bir şekilde sorguladığını anımsatan Denktaş, "Türkiye, Guantanamo'yu bir model olarak alamaz" yorumunda bulundu.