Dışişleri Bakanlığı'ndaki dinlemenin havadan yapıldığı iddiasına Genelkurmay'dan yalanlama geldi.  Genelkurmay Başkanlığı, 1 Ocak 2012 tarihinden itibaren GES Komutanlığı faaliyetlerinin yürütülmesinde kullanılan taşınır ve taşınmaz malların, arazi, yapı, tesis, sabit ve seyyar teçhizatın, Genelkurmay Başkanlığı ile MİT Müsteşarlığı arasında 21 Kasım 2011 tarihinde imzalanan protokol esaslarına uygun olarak MİT'e devredildiği belirtilerek, "Türk Silahlı Kuvvetlerinde; envanter dışı teçhizat bulunmamaktadır" açıklamasında bulundu. Genelkurmay Başkanlığının internet sitesinde yer alan basın açıklamasında, 4 Nisan 2014 tarihinde Akşam gazetesinde yayımlanan "Paralel Yapıdan Hava Saldırısı" başlıklı haberin tamamen asılsız olduğu bildirildi.  Açıklamada, şu ifadelere yer verildi:  "Türkiye Cumhuriyeti Başbakanlığının 31 Ocak 2011 tarih ve B.02.0.GGM/460.02_00202 sayılı genelgesi gereğince, 1 Ocak 2012 tarihinden itibaren GES Komutanlığı faaliyetlerinin yürütülmesinde kullanılan taşınır ve taşınmaz mallar, arazi, yapı, tesis, sabit ve seyyar teçhizat; Genelkurmay Başkanlığı ile MİT Müsteşarlığı arasında 21 Kasım 2011 tarihinde imzalanan protokol esaslarına uygun olarak MİT'e devredilmiştir. Türk Silahlı Kuvvetlerinde; envanter dışı teçhizat bulunmamaktadır."