Çetin Doğan, 2002 yılında ÇEV'e yapılan operasyonu engellemeye çalıştı mı? Bu dikkat çeken şüpheyi, Yenişafak gazetesi gündeme getirdi. İddiaya kaynak belge, ÇYDD-ÇEV hakkında hazırlanan Ergenekon iddianamesinin delil klasörlerinden çıktı. Gazetenin haberine göre, dönemin 1. Ordu Komutanı Çetin Doğan, 8 Haziran 2002 tarihinde Beşiktaş'ta bir otelde, dönemin İstanbul Emniyet Müdürü Hasan Özdemir ile bir toplantı yaptı. İddiaya göre toplantıya, Emekli Orgeneral Necdet Timur ile Dönemin Genelkurmay Adli Müşaviri bugünün Ergenekon sanığı Erdal Şenel de katıldı. Toplantıyı vahim kılan ise içeriği idi. Gazetenin haberine göre, üç komutan, Emniyet Müdürü'nden, bir soruşturmanın sona erdirmesini istiyordu. "Misyonerlik faaliyetleri ve teröristlere burs verme" iddiaları araştırılan ÇEV'le ilgili soruşturmayı. Bu talep karşısında Özdemir, konunun savcılık tarafından incelendiğini ve kendisinin yapacağı bir şey bulunmadığını söyledi. İddiya göre çabaları sonuçsuz kalan Doğan ve diğer komutanlar, bu toplantıyı gizlemeye çalıştı. Aynı tarihlerde firari sanık Gülseven Yaşer'in başkanlığını yaptığı ÇEV ile Jandarma komutanı olan Şener Eruygur'un da yakın ilişkiler içinde olduğu ortaya çıkmıştı.