Şemdinli İddianamesi'ne göre bombalama sonrası vatandaşlar tarafından yakalanıp, emniyet birimlerine teslim edilen askeri personel, EMASYA kapsamında görevlendirildi. İddianamede bu işlemin kanunlara aykırı olduğu belirtildi. Hakkari'nin Şemdinli ilçesinde Umut Kitap Evi'nin bombalanmasının bir EMASYA faaliyeti olduğu ortaya çıktı. Sanık astsubaylar olay günü ilçe merkezinde bulunmalarını ve kitabevi sahibi Seferi Yılmaz'a ilişkin takiplerini istihbarat çalışması olarak açıklamıştı. Şemdinli İddianamesi'ne göre Savcı Ferhat Sarıkaya, bu durumu EMASYA çalışmaları çerçevesinde değerlendirdi. Ancak emniyetin sorumluluk alanında faaliyette bulundukları için astsubayların savunmasını kanunsuz buldu. Sarıkaya, EMASYA'nın delili olarak da sanık astsubaylarda bulunan dönemin İl Jandarma Alay Komutanı Erhan Kubat'ın imzasını taşıyan görevlendirme emrini gösterdi. Bunun üzerine savcılık, Erhan Kubat ile dönemin 2. Ordu komutanı ve Kara Kuvvetleri komutanı hakkında dosya hazırlayarak soruşturulmaları için Genelkurmay'a iletti. 9 Kasım 2005'te Hakka-ri'nin Şemdinli ilçesinde Seferi Yılmaz'a ait Umut Kitap Evi'ne atılan bombanın patlaması sonucu bir kişi öldü, 2 kişi yaralandı. Olay yerinde iki astsubay ve bir PKK itirafçısı, vatandaşlar tarafından yakalanarak polise teslim edildi. Yürütülen soruşturmanın ardından dönemin Van Cumhuriyet Savcısı Ferhat Sarıkaya tarafından hazırlanan iddianamede, sanık astsubaylar Ali Kaya ve Özcan İldeniz'in patlamanın meydana geldiği gün saat 08.00'den itibaren, kendilerine gereken yardımın ve kolaylığın sağlanmasını içeren Hakkâri İl Jandarma Alay Komutanı Erhan KUBAT'ın 08.11.2005 tarihli görevlendirme yazısı ile görevlendirildikleri bilgisine yer verildi. Savcı Sarıkaya, bu tespitlerinin ardından sanık astsubayların faaliyetlerinin kanunsuzluğunu detaylıca açıklıyor. Ülke seviyesinde istihbarat yapma yetkisinin 3201 sayılı Emniyet Teşkilâtı Kanunu ile belirlendiğini anlatan savcılık, kanun koyucunun Jandarma teşkilâtına istihbarat üretme amacıyla değil suçları önleme noktasında önleyici dinleme olarak da nitelendirilebilecek idarî bir işlem tesis ettiğini vurguluyor. Savcı Sarıkaya, EMASYA'nın kaldırılan OHAL'in yerine geçen bir uygulama olarak faaliyet gösterdiğinin altını çiziyor. EMASYA Protokolü'nün en son 6 Temmuz 2005 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı'nca yenilenerek Jandarma dahil Türk Silâhlı Kuvvetleri'nin ilgili birlikleri ile Millî Savunma Bakanlığı, İçişleri Bakanlığı, valilikler, il emniyet müdürlükleri başta olmak üzere pek çok sivil makama da gönderildiğini kaydediyor. Savcı Sarıkaya, bu açıklamalarından sonra sanık astsubayların orada bulunmalarının EMASYA Protokolü çerçevesinde ast-üst ilişkisi kapsamında geliştiğini belirtiyor. EMASYA'nın görev tanımını yapan savcılık, söz konusu sanık astsubayların suç mahallinde bulunmalarının bu görev tanımı dışında kaldığını vurguluyor. Ardından da protokolün kağıt üzerinde bulunan dışında istihbarat ve operasyonel eylemlere alet edildiğine gönderme yapıyor. Savcı Sarıkaya, sanık astsubaylarda ele geçirilen Hakkâri İl Jandarma Komutanı Albay Erhan Kubat imzalı görevlendirme yazısını EMASYA Protokolü çerçevesinde sıralı bir emir olarak görüyor. İddianamede bu bölüm, "Hakkâri İl Jandarma Komutanı Albay Erhan Kubat'ın sıralı amirleri Hakkâri Dağ ve Komando Tugay Komutanı E.Ö. ve Van Asayiş Kolordu Komutanı S.U.'dur. Askerî hiyerarşinin yapısı gereği ve EMASYA direktifleri gereğince astın üstten habersizce, onun bilgisi, izni veya emri olmadıkça herhangi bir iş ve işlem yapamayacağı genel bir kural olduğu düşünülürse E.Ö. ile S.U.'nun bu tür yasaya aykırı olarak yapılan istihbarat çalışmalarından bilgisinin olmadığı düşünülemez. Yasaya aykırı olarak yapılan istihbarat faaliyetleri ile ilgili bu isimler hakkında 'görevi kötüye kullanmak' suçundan görevsizlik verileceğinden, soruşturma evrakı Genelkurmay Başkanlığı Askerî Savcılığı'na gönderilmek üzere tefrik edilerek Cumhuriyet Başsavcı Vekilliğimiz soruşturma defterinin 2006/152 sırasına kaydı yapılmıştır." şeklinde geçiyor.