Yakalanan zanlıların Başbakan Erdoğan, bazı gazeteciler ve yazarlara suikast planlarının tespiti üzerine operasyonun düğmesine basıldı. Ergenekon soruşturmasını yürüten Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz'ün talebi üzerine İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesi'nce verilen arama ve gözaltına alma kararındaki gerekçeler gündeme bomba gibi düştü. Karar metinlerinde, Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, Sivas'ta Ermeni Cemaati Başkanı Minas Durmazgüler ile birçok gazeteci ve yazara karşı şok suikastların planlandığı iddiasına yer verildiği ortaya çıktı. Soruşturmanın son dalgasında birçok ilde eş zamanlı düzenlenen operasyonlarla gözaltına alınan Prof.Dr Yalçın Küçük, eski YÖK Başkanı Prof.Dr. Kemal Gürüz, Emniyet eski Özel Harekat Daire Başkanı İbrahim Şahin, Emekli Orgeneraller Tuncer Kılınç, Kemal Yavuz, Genelkurmay eski Adli Müşaviri emekli Tümgeneral Erdal Şenel'in de aralarında bulunduğu zanlıların gözaltına alınma kararı 7 gerekçeye dayandırıldı. Silah temin ettiler Mahkemenin kararında arama ve el koyma işlemine neden ihtiyaç duyulduğu şu gerekçelerle açıklandı: - 5 Mayıs 2006, 11 Mayıs 2006 tarihlerinde ıstanbul'da bulunan Cumhuriyet Gazetesi’ne el bombalarının atıldığı, - 17 Mayıs 2006'da, Danıştay 2. Dairesi'ne yönelik geçekleştirilen silahlı saldırı sonucu Yüksek Hakim Mustafa Yücel Özbilgin'in öldürüldüğü, iki yüksek hakimin yaralandığı, - 13 Haziran 2007'de İstanbul Ümraniye'de, bir adrese düzenlenen operasyonda 27 adet el bombası ele geçirildiği, - 26 Haziran 2007'de, Eskişehir'de gerçekleştirilen bir operasyon sonucu, 12 adet el bombası, 2 adet uzun namlulu silah, 11 kilo C-3 patlayıcı, 11 kilo. TNT patlayıcıların ele geçirildiği, - Birçok şüphelide, devletin güvenliğine ilişkin gizli belgelerin bulunduğu, Yargıtay mensuplarına yönelik suikast planlarının ele geçildiği, Başbakan, birçok gazeteci ve yazara karşı şok suikastların planlandığı, - Bahsedilen eylemlerin Ergenekon terör örgütü tarafından gerçekleştirildiğinin tespit edildiği, Emniyet Genel Müdürlüğü'nün mütalaası ile Ergenekon yapılanmasının terör örgütü olarak nitelendirildiği, Yürütülen teknik takip çalışmaları sonucunda, örgüt mensuplarının, Sivas ilinde Ermeni cemaatine mensup önemli bir kişiye sansasyonel eylem hazırlığı içerisinde olduklarının belirlendiği, bu eylemi gerçekleştirmek için organize oldukları ve silah temin ettikleri anlaşılmakta olup, yapılacak sansasyonel eylemleri gerçekleştirme şüphesi altında olan ve yine Ergenekon terör örgütünün amaçları doğrultusunda faaliyetlerde bulunan örgütün diğer ünitelerinde görevli olduğu düşünülen şüpheli kişilerin yakalanması , Ergenekon terör örgütüne ait olduğu düşünülen delillerin elde edilmesi amacıyla arama yapılmasına, bulunacak delillere el konulmasına, deliller üzerinde inceleme yapılmasına ihtiyaç duyulmuştur. 72 saat süreyle izin İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesi gerekçeleri göz önüne alarak arama işleminin nasıl yapılacağını da tek tek belirledi. Buna göre mahkeme, 7 Ocak 2009 günü 7 ayrı ilde önceden belirlenen adreslerde, şüphelilere ait olabilecek araçlar ve ya adreslerin müştemilatlarında, bir defaya mahsus, gündüz veya gece vakti arama yapılmasına, şüphelinin yakalanmasına, aramalar sonrası suç ve suç unsuru olabileceği değerlendirilen tüm dijital veri ve veri taşıyıcılar ile hard disklere el konulmasına, diğer iletişim ve bilişim malzemelerine, ateşli silahlara bıçaklara kriminal yönden incelenmek ve tetkik edilmek üzere el konulmasına bir kereye mahsus 72 saat süreyle izin verdi. Adres düzeltildi Prof. Dr. Yalçın Küçük'ün boşandığı eşinin evinin aranmasına ilişkin yapılan eleştiriler de boş çıktı. İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesi'ne ait arama kararının, "Aranılacak kişi ve adresler" bölümünde, Yalçın Küçük, İşçi Blokları Mahallesi Öncü Sitesi 1489 Cad. A Blok No: 42 Çankaya Ankara denilmesi dikkat çekti. Çünkü bu adreste Yalçın Küçük'ün eşi Temran Küçük oturuyor. Yalçın Küçük ise, aynı Blokta 3. Katta 11 numaralı dairede oturuyor. Mahkeme ilk etepta Yalçın Küçük'ün 11 numaralı dairesi için arama kararı verdi. Küçük'ün evi arandıktan sonra karısı Temran Küçük'ün oturduğu 42 numaralı daire için yeniden arama kararı çıkarıldı.