Ergenekon davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi’nin hazırladığı gerekçeli kararda, Cumhuriyet Gazetesi’ne bomba atılması ve Danıştay saldırısı eylemlerine geniş yer ayrıldı. Kararda, Veli Küçük ile Danıştay saldırısını gerçekleştiren Alparslan Arslan’ın telefonlarının, olaydan iki ay önce aynı baz istasyonundan sinyal verdiğinin tespit edildiğinin altı çizildi.

Kararda, Cumhuriyet gazetesinin üç ayrı kez bombalanması ve hemen arkasından gerçekleştirilen Danıştay saldırısının, örgütsel eylem özellikleri gösterdiği vurgulandı. Danıştay saldırısının, “Gladyo” diye tabir edilen gizli örgütlere izafe edilen eylem tipleri ile aynı olduğu belirtilen kararda, sanıkların birbiriyle irtibatları detaylı şekilde anlatılarak, Arslan’la ilgili, “Danıştay’da büyük bir soğukkanlılıkla hareketli hedefleri tam isabetle vurması, olay yerinden hiçbir şey olmamış gibi ayrılması iyi bir örgütsel silahlı eğitim aldığını göstermektedir” değerlendirmesi yapıldı.

Kararda, Alparslan Arslan’nın Veli Küçük’le bağlantısını gösteren çok önemli bir ayrıntı yer aldı. 17 Mayıs 2006’da gerçekleşen Danıştay saldırısının faili Alparslan Arslan’ın Veli Küçük’le irtibatını, “Veli Küçük’ü hayatım boyunca ilk defa burada gördüm” demesine  rağmen, 10 Mart 2006’da, Arslan’la Veli Küçük’ün telefonlarının “Istsuadıyedoruk” isimli adreste bulunan baz istasyonundan sinyal verdiği ve bütün bunların soruşturma dosyasında yer aldığı vurgulandı. Bu konuyla ilgili kararda, “DOĞA BALIK RESTAURANTI BULUŞMALARI” ismiyle Danıştay sanıklarının Doğa Balık Restorantı isimli yerde buluşmalarının tespitiyle ilgili tutaklar yer alıyor. Bu tutanaklardan birinde ise, “10.03.2006 tarihinde Alparslan Arslan’ın 5326713** numaralı telefonunun 16:47-18:05 saatleri arasında “Istsuadıyedoruk” adresinden sinyal verdiği, Veli Küçük’ün 533***  numaralı telefonun da saat 16:44’te yine “Istsuadıyedoruk” adresinden baz verdiği...” şeklinde bilgiler yer aldı.

Danıştay saldırısına ilişkin sanıkların birbirleriyle irtibatının anlatıldığı bölümde, Alparslan Arslan’ın yakalanması sonrası, Ergenekon sanıklarının olaydan sonraki üç gün içinde bir durum değerlendirmesi sürecine girerek strateji belirlemeye çalıştıklarının tespit edildiği anlatıldı. Danıştay saldırısıyla suçlanan sanık Muzaffer Tekin’in, saldırının olduğu geceki faaliyetlerinin de açıklandığı kararda, Tekin’in olaydan sonraki üç gün boyunca farklı adreslerde saklanmayı tercih ettiği belirtildi. Tekin’in Danıştay saldırısı sonrası intihar girişimine de yer verilen kararda, Tekin intihar mektubunda, “Adı geçen kişiyi 2 sene evvel avukat kimliği ile tanıdım 3-4 defa ziyaretime geldi 1 senedir 1 kez görüş konuşmam bile olmadı. Bu nasıl senaryo yazıklar olsun” yazmasına rağmen, Arslan’la telefon irtibatı ve yüzyüze görüşmelerinin mektupta ifade edilenden daha yoğun olduğunun tespit edildiği vurgulandı.