01-Ergenekon Başlığı 02-İstihbarat Dairesi Komutanlığı, 03-İstihbarat Analiz ve Değerlendirme Dairesi Komutanlığı 04-Operasyon Dairesi Komutanlığı 05-Finansman Daire Başkanlığı (Sivil) 06-Orgut İçi Araştırma Dairesi Komutanlığı 07-Teori Tasarım ve Planlama Dairesi Başkanlığı (sivil) İŞTE ÖRGÜTÜN YÖNETİCİLERİ Ergenekon iddianamesinde örgütün yöneticisi olarak yer alan isimler: Veli Küçük, İlhan Selçuk, Sevgi Erenerol, Kemal Alemdaroğlu, Doğu Perinçek. Ergenekon iddianamesi 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. Terör örgütünün yöneticileri arasında yer alan Veli Küçük, İlhan Selçuk, Sevgi Erenerol, Kemal Alemdaroğlu, Doğu Perinçek'in Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya teşebbüs, Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet Gazetesinin bombalanması olaylarını azmettirmek gibi suçlamalardan dolayı 2 kez ağırlaştırılmış müebbet ve 164 yıl hapis cezası isteniyor.