Ergenekon davasında sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildikten sonra GATA'ya yatırılan Arif Doğan'ın JİTEM yapılanmasına ilişkin alınan ifadesi Diyarbakır 3. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. Albay Doğan ifadesinde, JİTEM yapılanmasının yasal bir oluşum olduğunu, JİTEM'i kendisinin kurduğunu öne sürdü. 1991'e kadar Olağanüstü Hal uygulamasının bulunduğu illerde görev yaptığını belirten Arif Doğan, yarbaylığa terfi ettikten sonra İstihbarat Grup Komutanlığı görevini Veli Küçük'e devrettiğini söyledi. Doğan, JİTEM davasında yargılanan itirafçı sanık Adil Timurtaş ile ilgili ifadesinde şunları anlattı: "Jandarma İstihbarat Komutanlığı'ndan tayinim çıktıktan sonra Adil Timurtaş'ın itirafçı olarak jandarma istihbarat birimine hizmet etmek üzere alındığını biliyorum. Kendisini tanıyorum, şu anda başka bir suçtan cezaevinde tutukludur ancak hangi cezaevinde olduğunu bilmiyorum. JİTEM daha önce de belirttiğim gibi üst düzey komutanların bilgisi doğrultusunda kurulmuş bir birimdir. Ben de bu birimin kurucusuyum. Görev ve faaliyet bölgesi Olağanüstü Hal uygulamasının yürürlükte olduğu illerdi. Mesai saatinden sonra da bu birim içinde aktif biçimde kanunlar çerçevesinde terörle mücadele ettik. Görevim gereği pek çok belgenin altında benim imzam olabilir. Ancak ben istihbaratçıyım, bazı belgeleri bulundurmam normaldir. Bana ait olduğu ileri sürülen uyuşturucu maddesini Güneydoğu'daki operasyonlarda yem olarak kullanıyorduk. Uyuşturucuyla benim işim olmaz." Av. Tahir Elçi, başka bir olayda 3 kişinin öldürülmesiyle ilgili olarak da Arif Doğan hakkında ek iddianame düzenlenerek bu suçtan dolayı da ayrıca cezalandırılmasını istedi.