3. iddianamede, Ergenekon'un neden terör örgütü olduğu konusuna açıklık getirildi. Ergenekon, 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu'nun 1., 3., 4. maddeleri ile 3237 sayılı TCK'nın 220., 302., 314., 316. maddelerine göre, terör örgütü olarak değerlendirildi. Üçüncü iddianamede örgütün Terörle Mücadele Kanunu'nun 3. maddesinde gösterilen ve doğrudan terör suçları arasında bulunan 5237 sayılı TCK'nın 311. maddesinde düzenlenen yasama organına karşı suç işlemek üzere kurulduğu; yine örgüt Terörle Mücadele Kanunu'nun 4. maddesinde gösterilen suçları da, örgütün faaliyeti cümlesinden işlemekte, ayrıca gelecekte de işlemeyi amaçladığı belirtiliyor. Ergenekon terör örgütü kavramını açan hukuki delil ve tespitler şöyle: "Silahlı bir örgüt olduğundan kuşku bulunmayan bu örgüt çok sayıda, vahim nitelikte, illegal yollardan örgüte sağlanmış bulunan ve tabancalardan uzun namlulu tüfeğe, el bombasına kadar her türlü silah ve mühimmatı örgütün amaçları doğrultusunda kullanmak üzere saklamaktadır. Silahların çeşitliliği, miktarı ve arz ettiği vahamet ile saklanma şekilleri örgütün yasama organını ve yürütme organını cebren ortadan kaldırarak veya çalışamaz duruma getirerek Terörle Mücadele Kanunu'nun 1. maddesinde belirten, "Devlet otoritesini zaafa uğratmayı veya yıkmak ve ele geçirmek bakımından ne kadar kararlı ve yetkili olduğunu göstermektedir". ÖRGÜT, TERÖRİST YÖNTEMLERİ KULLANIYOR İddianameye göre Ergenekon'un terör örgütü olarak nitelendirilmesinde, örgütün işlediği şu suçlar göz önünde bulunduruluyor: "Soruşturma kapsamında, ele geçirilen temel ve tali örgütsel dokümanlar, tanık beyanları, aramalarda elde edilen ipuçlarından yola çıkarak ele geçirilen silah, mühimmat, eylem planları, devletin uluslararası kuruluşların en iyi korunan mahallerinden çıkarıldığı anlaşılan ve gizli kalması gereken belgeler diğer delillerle bir bütün olarak incelendiğinde, ele geçirilen temel dokümanlara göre örgüt, hedeflerine ulaşmak için cebir ve şiddet kullanarak; korkutma, yıldırma, sindirme veya tehdit yöntemlerinin sadece birini değil hepsini benimsemektedir. Cumhuriyetimizin temel niteliklerini yorumlamak bunların uygulamasını sağlamak ve takip etmek, Cumhuriyet'imizin düzenini korumak gibi işlevler, anayasal bir görev olarak meşru devlet organlarına aittir. Anayasa'mızın açık ve herkes tarafından anlaşılabilecek temel düzenlemelerine karşın örgüt bu organları yok saymakta, Cumhuriyet'in niteliklerine anayasal tanım dışında örgütün illegal amaçlarına meşruiyet sağlama yönünde gayri meşru yaklaşımlar getirmektedir. Oluşturduğu paravan doktrin doğrultusunda bu yaklaşımların doğurduğu illegal sonuçları korumak için, benimsemiş bulunduğu terör yöntemlerini kullanmaktadır."