Mahkeme heyeti ilk olarak Danıştay saldırısı ile igili görgüsü ve beyanı bulunan Danıştay 2. Daire Başkanı Kamuran Erboğa'nın talimatla tanıklık yapmasını kararlaştırdı. Ayrıca saldırının mağdurları olan Danıştay üyeleri ile Danıştay Başkanı Mustafa Birden'e şikayet haklarının bulunduğu hatırlatılmasına hükmetti. Bir başka ara karar İkinci ''Ergenekon'' davası sanığı Eski Özel Harekat Dairesi Başkanvekili İbrahim Şahin hakkındaydı. Şahin Gözaltına alındığı dönemde kendisinin Genelkurmayla irtibatlı çalıştığını ve Terörle Mücadele Müsteşarı olacağını söylemişti. Dönemin Genelkurmay Başkanı olan Başbuğ Şahin'i yalanladı. Ancak mahkeme şimdi Genelkurmay Başkanlığına resmi yazı yazılarak, 2007 yılından itibaren kurumsal olarak İbrahim Şahinle görüşülüp görüşülmediğinin bildirilmesini istedi. 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nden Şener Eruygur hakkında da bir ara karar çıktı. Eruygur 2008 yılında beyin kanaması geçirdiği gerekçesiyle salıverilmişti. Ancak Eruygur 2009 Şubatında taburcu oldu. O gün bu gündür de dışarıda. Mahkeme Eruygur'un da nihai sağlık durumunun tespitinin yaptırılmasını ve sağlık raporunun mahkemeye gönderilmesini istedi.