Ergenekon iddianamesinde, Doğu Perinçek, Kemal Alemdaroğlu ve İlhan Selçuk Ergenekon'un yöneticisi olarak tanımlanırken, üst düzey yöneticiler kod adlarıyla yer alıyor. İddianamede 1 numaralı sanık olarak da Veli Küçük'ün ismi geçiyor. Ancak örgütün gerçek 1 numarasının yani gizli liderinin adı 2 bin 455 sayfalık iddianamenin hiçbir yerinde geçmiyor. Ergenekon kapsamında ifade veren tanık Zihni Çakır ifadesinde 1 numarayı şöyle tanımlıyor: "Türkeli Gazetesi'ne sık sık gelen 1 Numara, 60-65 yaşlarında, sarı saçlı, göçmen tipli, saçları seyrek, sert mizaçlı, bıyıksız, sakalsız. Çevresi kendisine "Komutanım" diye hitap ediyor. 1 Numara tip olarak sanıklardan Muzaffer Tekin'e benziyor ancak ondan daha zayıf. Hiçbir gazetede resmini görmedim. Telefon kullanıyor ancak telefon numarasını kimseye vermiyor. Onun gücünü özellikle 28 Şubat döneminde iyi gördüm." İddianamede özellikle örgütün üst düzey yöneticileri kod adaları ile birlikte anılıyor: Mehmet Fikri Karadağ: Paşa Doğu Perinçek: Fabrikatör Muzaffer Tekin: Zafer Kuddusi Okkır: Milli Irgat Sami Hoştan: Arnavut Sami İsmail Eksik: İsmail Paker İsmail Yıldız: Bülent Fikri Emek: Şamil Abdulmuttalip Tonçer: Cizreli Ali